Самостоятельный общий реферат получил следующие функнции: поддержание контактов с государственными институтами, руководство работой польских военных атташатов и опека над атташатами иностранных государств в Польше. Остальные рефераты занимались оценкой с военной точки зрения всех договоров, заключаемых Польшей с иностранными государствами, и принимаемых дипломатических решений на международной арене. Учетный отдел подвергся большим преобразованиям. Постоянная потребность в актуальной информации о наших соседях (особенно о Германии и советской России) привела к тому, что из рефератов «Восток» и «Запад» были созданы аналитические подразделения «Германия» и «Россия», в то же время рефераты «Юг» и «Север» подверглись ликвидации.
II Отделом также принимались меры по изменению характера своей деятельности и положения в Генеральном штабе. Постепенно, в соответствии с пониманием Пилсудским существа и роли разведывательной деятельности, принадлежность II Отдела к Генеральному штабу становилась номинальной. Главный инспектор Вооруженных сил стал все больше влиять на решение вопросов, касающихся разведки.
Другим мероприятием, предпринятым новым руководством II Отдела, была попытка изменения мотивации действий в вопросах, касающихся сотрудничества между отдельными отделами Разведывательного центра: «В каждой области работы всегда действует какой-то внутренний механизм. В нем присутствуют в большей мере амбиция работы, или амбиция эффектов, и временами амбиция самой личности. Все это заложено в самой структуре II Отдела таким образом, что эти амбиции противопоставляются друг против друга, вызывая стимул к получению еще лучших результатов и выступая как средство взаимного контроля. Учетный отдел в ходе анализа поступающей информации критикует приобретенные разведкой материалы, а пути их получения подвергаются проверке со стороны контрразведки; то, что получило какое-то отделение, может опровергаться иным разведывательным подразделением, и так почти во всем. Поэтому отдельные подразделения разведки противоборствуют и настроены друг против друга». Так докладывал вопросы руководства II Отделом первый после майского переворота его руководитель подполковник Схаэтзель на одном из совещаний в Генштабе.
Идея централизации всех отделов службы в едином аппарате II Отдела имела своей задачей предотвращение соперничества и содействие повышению эффективности деятельности специальных служб. Однако провести это в сжатые сроки оказалось невозможным. Разведывательная работа носит конспиративный и секретный характер, в ней часто применяются необычные методы и средства оперативной работы. Поэтому постоянно возникало много организационных, кадровых проблем и конфликтов. В 1930-х годах, на что обращает внимание В. Козачук, возникли конфликт и сильное соперничество между рефератами, работавшими на восточном и западном направлениях.