В 1928 году службу во II Отделе проходили 47 офицеров, 64 унтер-офицеров и 37 служащих.
В 1929–1930 гг. была проведена последняя в межвоенном периоде основательная реорганизация Центра и военной разведки. В результате ее впервые произошло организационное разделение разведки и контрразведки. Это означало окончание 10-летнего периода, когда, согласно с моделью специальных служб XIX века, разведка и контрразведка рассматривались как единое целое.
После окончания Первой мировой войны в некоторых странах начали различать методы и средства деятельности, которые применяются в разведке и контрразведке. Наряду с этим была также изменена система работы учетного подразделения. Уже в течение нескольких лет его активность все больше ограничивалась несколькими направлениями заинтересованности польских разведывательных служб. Высшие государственные власти ожидали информацию о России и Германии (их общественной жизни, экономическом и военном потенциале). Однако состояние бюджета II Отдела не позволяло проводить разведывательные акции в тех регионах мира, где Польша не имела актуальных интересов. Поэтому аналитическо-исследовательская работа была ограничена Россией и Германией.
Новая внутренняя структура II Отдела представляла собой следующее:
Руководитель II Отдела.
Заместитель начальника II Отдела.
I Организационный отдел — 7 офицеров:
— реферат организационно-мобилизационной работы и подготовки,
— кадровый реферат,
— реферат собственных шифров,
— бюджетный реферат.
Разведывательный Отдел IIа — 10 офицеров:
— реферат «Восток»,
— реферат «Запад»,
— технический реферат,
— радиоразведывательный реферат.
Контрразведывательный отдел IIb:
— национальный реферат,
— контрразведывательный реферат,
— реферат охраны,
— реферат «i»,
— организационный реферат.
III Отдел исследований — 130 офицеров:
— реферат «Россия»,
— реферат «Германия»,
— организационно-учетный реферат.
IV Отдел договоров — 3 офицера:
— реферат Лиги наций,
— транзитный реферат.
Самостоятельный общий реферат.
Канцелярия.
В 1930-х годах внутренняя организация II Отдела эволюционировала в принятом в 1929 году направлении. Руководитель отдела имел двух заместителей, которые курировали отдельные службы Центра. В это время Разведывательный отдел по-прежнему был важнейшим его подразделением. Он состоял из Отдела IIa — разведки и Отдела IIb — контрразведки. Кроме того, руководителю Отдела IIa подчинялись бюро шифров и радиоразведка. В него входили следующие рефераты:
— собственные шифры,
— радиоразведка на Россию, располагающая радиостанциями в Варшаве, Лиде, Ровно и Коломые,