Вскоре в латвийских городах началось создание гетто, куда принудительно направлялись все евреи. Рижское гетто было образовано по распоряжению рейхскомиссара Г. Лозе 21 октября 1941 года. Просуществовало оно немногим более месяца. Под прямым руководством обергруппенфюрера СС Ф. Еккельна около 25 тысяч евреев были направлены из Рижского гетто пешком в Румбулу на границе Риги и расстреляны там в два этапа – 30 ноября и 8 декабря 1941 года там была уничтожена большая часть его узников.
В конце 1941 – начале 1942 года в Латвию было депортировано около 20 тысяч евреев из Германии, Австрии, Чехии и других европейских государств. Их помещали в «малое гетто». Практически все они были убиты нацистами.
Что касается отношения к этим преступлениям со стороны местного населения, то оно красноречиво описывается в отчете оперативной группы «А» за октябрь 1941 – январь 1942 года:
«Политические настроения в Латвии, как и прежде, неоднородны. Настроение и отношение в Латгалии ни в коем случае нельзя назвать дружественным по отношению к немцам.
Иначе обстоит дело в западных областях Латвии, особенно в Ливонии и Курляндии. Здесь, несмотря на все ошибки, допущенные в том числе и немецкой стороной, и несмотря на давление, оказываемое националистическими кругами, ясно видны признаки окончательного умиротворения областей и готовности к сотрудничеству. Запись в охранные команды также дала удовлетворительные результаты. Там, где латвийцы использовались особенно в рядах полиции безопасности, они продемонстрировали выдающиеся боевые качества. Во время еврейско-большевистского террора было увезено, схвачено или убито 33 038 латвийцев. Поэтому можно было ожидать масштабных погромов. В действительно же только несколько тысяч евреев были уничтожены местным населением по собственному почину. Необходимо было провести в Латвии всеобъемлющие чистки силами зондеркоманд при помощи латвийской вспомогательной полиции в основной массе из семей пропавших или убитых латвийцев. Этими зондеркомандами было расстреляно около 30 тысяч евреев. Оставшиеся, в основном необходимые в экономике евреи были собраны в гетто, созданные в Риге, Динабурге и Либау.[8] Расстрелы продолжаются».
Материковая часть Эстонии была оккупирована позже других Прибалтийских республик – к 5 сентября 1941 года. Считается, что большая часть немногочисленного еврейского населения успела эвакуироваться. По немецким источникам, в оккупации оставалось около 2000 евреев; по некоторым современным оценкам, не более тысячи. Все евреи мужского пола в возрасте старше 16 лет были арестованы и уничтожены эстонскими силами «самообороны», за небольшими исключениями для врачей и членов юденрата.