Нельзя не отметить, что во многом благодаря современной литературе вокруг СМЕРШа создан ореол страшного репрессивного органа, безжалостно расправлявшегося с людьми, ни в чем не повинными, в том числе с мирным населением Германии в конце войны. Однако на самом деле никакого отношения к подобным преследованиям главное управление контрразведки не имело.
Также вопреки распространенному мнению органы СМЕРШ хотя и работали в лагерях военнопленных, не могли приговорить кого-либо к тюремному заключению или расстрелу, поскольку не обладали судебными полномочиями. Все военнопленные находились в распоряжении НКВД, приговоры выносил военный трибунал или особое совещание при НКВД.
В рамках органов СМЕРШ никогда не создавались заградотряды, а тем более работники контрразведки их не возглавляли. В начале войны заградительные мероприятия осуществлялись войсками НКВД, а в 1942 году заградотряды формировались при каждой армии в целях поддержания порядка во время боев.
Зато известно, что контрразведчики принимали участие в боевых действиях, в том числе в сложнейших обстоятельствах брали на себя командование армейскими подразделениями и во многих случаях проявили настоящий героизм на полях сражений.
Что касается методов работы с военнопленными, известно, что советская агентура внедрялась в их среду и путем общения и прослушивания разговоров выясняла какие-то сведения, которые могли бы указать на то, что человек выдает себя за кого-то другого, чтобы избежать наказания.
Например, общеизвестно, что удавалось достаточно легко и быстро определить солдат и офицеров войск СС. Ведь у них была традиция наносить себе татуировки с порядковыми эсэсовскими номерами. И даже если на теле человека были какие-то следы после удаления таких «знаков отличия», контрразведчик мог совершенно четко определить, кто находится перед ним – мобилизованный солдат вермахта или сотрудник СС.
Говоря о работе с мирными гражданами, нужно отметить, что во всех директивных указаниях подчеркивалась необходимость уважительного отношения к местному населению. Ведь в руководстве страны все прекрасно понимали, что простые люди невиновны в тех деяниях, которые творили Гитлер и нацистская власть. Здесь вспомним знаменитые слова Сталина: «Гитлеры приходят и уходят, а немецкий народ остается».
Довольно сложным остается вопрос о том, к какому именно времени органам контрразведки удалось полностью ликвидировать всю нацистскую агентуру на территории Советского Союза. Историки справедливо отмечают, что у кого-то из агентов германской разведки наверняка получилось избежать наказания. Тем не менее поиск немецких агентов велся достаточно длительное время. Соответствующие мероприятия проводились, естественно, и в рамках розыска нацистских преступников. И в этом отношении главной задачей было разобраться с каждым преступником персонально.