Внутренняя Калачакра касается всех живущих внутри физического мира и описывает каналы тела, энергии и жидкости, циркулирующие внутри его. Практика Внутренней Калачакры предполагает утоньшение нервной системы посредством йоги, эстетического совершенствования чувств одухотворенной мыслью. Мир и Внешней и Внутренней Калачакры нуждается в том, чтобы быть очищенным.
Тайная Калачакра связана с методами достижения Просветления; она включает в себя посвящение, которое предписывает личности, получившей его, неуклонно следовать путем Калачакры к состоянию Будды.
Название «Калачакра» применительно к Внешней и Внутренней означает протекающую во времени циркуляцию небесных тел и энергий внутри человека. Относительно Тайной Калачакры этот термин означает, что универсальное сострадание поворачивает время так, чтобы все страдающие сущности достигли Просветления. В этом случае Калачакра воспринимается и как благо постижения Пустоты, где нет прошлого, настоящего и будущего.
Адепт Калачакры, прошедший несколько обрядов посвящения под руководством гуру, визуализирует в своем сознании мандалу Калачакры, которая разворачивается в трехмерном пространстве, приобретая вид прекрасного дворца. Это вполне согласуется с учением о том, что путь в Шамбалу — путь внутрь себя. Медитируя на мандалу, человек в своем сознании проходит определенные уровни мироздания, сливаясь с Калачакрой. Живописная мандала, таким образом, становится не более, чем картой пути.
Визуализируя мандалу, адепт как бы входит во дворец через одну из четырех дверей, каждая из которых служит вратами к одному из четырех ликов идама Калачакры. У западной двери человек получает семь ритуалов посвящения, у северных врат — инициацию воды и инициацию короны. Суть этих инициаций состоит в следующем.
Согласно учению Калачакры, человек состоит из пяти компонентов: земли (кости), вод (флюиды, кровь, моча), огня (температура), ветров (внутренние обменные процессы) и пространства (пустые места). Проходя инициацию воды, человек представляет, что эти пять компонентов — очищаются, трансформируясь в чистое состояние, которое на языке европейской культуры можно назвать божественным.
Инициация короны состоит в аналогичном очищении сознания, форм, чувств и умения тонко различать.
У южных врат дворца Калачакры адепт получает инициацию шелковой ленты, а также инициацию ваджры и колокольчика. Это очищение девяти ветров и правого и левого энергетического каналов тела. У восточных врат проходит инициация истинного поведения и имени. Это очищение шести органов чувств и шести физиологических функций (поедания, хватания, передвижения, испражнения, мочеиспускания и размножения). Все эти качества получают наивысшую чистоту. Вернувшись к западным воротам, адепт получает инициацию-разрешение, очищающую его дух в моменты практики и дающую ему право наставлять других в Калачакре. После этого он восходит по ступеням к главному дворцу. Вход располагается на западе (на живописных мандалах — сверху). Стены дворца мандалы прозрачны, их цвета — желтый, белый, красный, черный и зеленый. Адепт попадает в часть дворца, называемую «речь мандалы», где с ним разговаривает идам Калачакры.