Капитану Алексееву пришлось некоторое время преподавать военную администрацию и руководить топосъёмками в столичном Николаевском кавалерийском училище. Знавший его с той поры А. М. Драгомиров, будущий генерал и сподвижник по Белому движению, писал:
«Уже пожилой капитан Генерального штаба с суровым взглядом близоруких глаз, прикрытых очками, с резким голосом, он вначале на нас, юнкеров, навёл страх своей требовательностью и порядочную скуку своим предметом, нагонявшим тоску. Но вскоре под его суровой внешностью мы нашли простое и отзывчивое сердце. Он искренне хотел и умел научить нас необходимой для военного человека науке...
Злейший враг лени и верхоглядства, он заставлял и нас тщательно исполнять заданные работы».
Познания Алексеева в академических науках, его перспективность как генштабиста не остались невостребованными. В мае 1894 года он переводится та службу в канцелярию Военно-учёного комитета Главного штаба. Первая должность была невысокой — младший делопроизводитель.
Военно-учёный комитет, как структура Главного штаба, имел в мирное время особое предназначение. В нём составлялись планы войн с вероятными противниками и разрабатывались вопросы стратегического развёртывания сухопутных сил России та случай войны на Западе, Востоке и Юге. В Военно-учёный комитет отбирались офицеры и генералы с хорошим тактическим мышлением, способные заниматься разработкой и стратегических задач. Попасть в ВУК случайный человек, пусть и с академическим образованием, просто не мог. Отбор был тщательным и пристрастным.
За Алексеева говорило многое. И блестящее окончание Николаевской академии Генерального штаба, и большой опыт пехотной полковой службы, и боевые награды за Русско-турецкую войну 1877-1878 годов, и «примерное» исполнение обязанностей офицера штаба 1-го Армейского корпуса столичного округа.
Для дальнейшего продвижения по службе недоставало одной строчки в послужном списке. Начальство пошло та помощь, и Алексеев проходит цензовое командование пехотным батальоном.
В1895 году Михаил Васильевич женился. Его супругой стала Анна Николаевна Щербицкая. Вскоре она родила первенца - дочь Клавдию, в 1906 году родилась вторая дочь - Вера, а в 1908 году - сын Николай.
Семья офицера Генерального штаба жила дружно, довольно скромно, хотя и не бедно. Любя жену и детей, Михаил Васильевич всё же целиком отдавался службе и дома бывал мало. Однако ни один человек, хорошо знавший Алексеева, никогда не называл его карьеристом или служакой в плохом понимании этих слов.
Одновременно с работой в ВУК Алексееву доверили преподавание на кафедре русского военного искусства в Николаевской академии Генерального штаба. Преподавательской работой он занимался с большим удовольствием и не без успеха. В 1898 году он становится экстраординарным (то есть внештатным) профессором» а через три года - заслуженным ординарным (штатным) профессором академия» являвшейся высшим военным учебным заведением России.