К этому времени относятся первые научные публикации Михаила Васильевича, которые были посвящены боевым действиям Отдельного Кавказского корпуса в Русско-турецкой войне 1877-1878 годов и осаде крепости Карс. Полковник Алексеев, который тогда находился на Балканском театре военных действий, проявил немалую заинтересованность при изучении войны в горах Закавказья.
Генерал-лейтенант А. П. Богаевский, один из предводителей Белого движения на Юге России, писал:
«Спустя годы я снова встретился с Михаилом Васильевичем, теперь уже в Академии Генерального штаба, как со своим профессором по истории русского военного искусства. Он остался таким же кропотливым и усердным работником, прекрасно излагавшим свой далеко не лёгкий предмет. Он не был выдающимся талантом в этом отношении, но то, что нужно нам было знать, он давал в строго научной форме в сжатом образном изложении.
Мы знали, что всё, что он говорит, — не фантазия, а действительно так и было, потому что каждый исторический факт он изучал и проверял по массе источников».
Вскоре стал проявляться немалый интерес Алексеева к личности всероссийского монарха Николая II. Причина крылась даже не в том, что полковник корпуса офицеров Генерального штаба стал частым участником самых различных церемоний, на которых присутствовали государь и члены династического семейства Романовых. Алексеев видел в последнем русском царе человека, мало походившего на своего венценосного отца Александра III, умевшего твёрдо держать в своих руках бразды правления великой державы.
Для будущего полководца фигура полновластного монарха была интересна прежде всего с позиций его заботы о военной силе России, способности обеспечивать безопасность огромного государства на востоке Европы и севере Азиатского континента. Михаил Васильевич, в силу определённого домашнего и военного воспитания, смотрел на все политические процессы, происходившие в стране, с позиций откровенного и убеждённого «государственника».
Как-то в одной из дискуссий среди профессоров кафедры русского военного искусства Николаевской академии Генерального штаба был затронут вопрос о необходимости новой военной реформы. Причём спор повели люди, которые не только воочию видели ход милютинской военной реформы, законом о всеобщей воинской повинности изменившей лицо русской армии, но и занимались анализом результатов преобразований в военной области.
Алексеев, в силу своей природной сдержанности и некоторой молчаливости, сперва только слушал коллег по кафедре, обсуждавших недавнее событие, «прогремевшее» по всей Европе и её дальним окраинам. Суть состояла в том, что российский император выступил в 1899 году с инициативой созыва первой в мировой истории конференции по разоружению. Николай II предлагал провести её в голландской столице Гааге. По этому вопросу академическая кафедра разделилась на два лагеря: