Многие эпизоды «Жизни на Миссисипи» воспроизводят действительные факты биографии Твена — мы узнаем из книги, как лоцман Биксби учил Клеменса этой трудной профессии, как при катастрофе погиб младший брат писателя Генри Клеменс. Однако автобиографичность очерков носит ограниченный характер. Твен ввел в «Жизнь на Миссисипи» выдуманные сцены, образ самого автора (особенно в первой части книги) представлен в юмористически-утрированном виде — это снова своего рода «простак». Порою память изменяла писателю. Вызывает сомнение, например, подлинность истории о том, что Марк Твен заимствовал свой псевдоним у капитана Селлерса. Вероятно, писатель сам его придумал.
Во второй части книги авторская интонация резко изменяется по сравнению с первой — в описаниях родных мест звучит разочарование. Твен видит заскорузлость жизни американского Юга. В ряде мест «Жизни на Миссисипи» сказались идейные противоречия писателя. Есть в книге наивные суждения о готовности плантаторов создать хорошие условия жизни для негров, о роли книг В. Скотта в жизни южных штатов и другие.
Уже давно было известно, что при подготовке к печати «Жизни на Миссисипи» из книги, по настоянию издателей, были изъяты абзацы и целые главы («бремя этих пустот давит на меня», — жаловался Твен в письмах друзьям). В общей сложности было опущено более двух авторских листов. Текст купюр, однако, долгое время оставался неизвестным. Лишь в 1944 году в США были воспроизведены не публиковавшиеся ранее части «Жизни на Миссисипи», а также исправлены некоторые ошибки, допущенные во всех других изданиях книги.
Впервые теперь стало вполне очевидным, что «работа» издателей с рукописью в 80-х годах XIX века была не столько творческой редактурой, сколько идеологической цензурой. Опущены были некоторые места книги, где резко сказывается отрицательное отношение Твена к порядкам, царящим в южных штатах, а также страницы, где писатель «непочтительно» говорит о буржуазной Америке в целом, прибегает к «богохульному» юмору и т. д. Это подтверждают и американские редакторы издания 1944 года. Отдельные куски из первоначального текста, пишет Уилис Вейджер, были опущены из опасения «оскорбить некоторых покупателей книги… особенно южан, а быть может, и тех северян, которые склонны проявлять сентиментальность в отношении „доброго старого времени“».
Писатель был вынужден подчиниться требованиям издателей «Жизни на Миссисипи» Но мысли, которые Твен не имел возможности высказать в этой книге в открытой публицистической форме, он выразил через художественные образы в своем романе «Приключения Гекльберри Финна», опубликованном немного позднее.