Проспери доложил Изабелле, что Лукреция так горюет о смерти сына, что нет никакой возможности ее утешить. Таким утешителем был Ипполито, он же старался успокоить ее, когда умерли Александр и Чезаре. В монастырь его — как духовное лицо — пропускали, и, согласно свидетельству Проспери, он проводил там с нею много часов. Альфонсо все еще пробирался домой, посылая по пути секретные записки Ипполито. Когда Изабелла попеняла Ипполито, что он не передает эти записки ей, кардинал ответил, что не может этого делать, так как, попади эти документы в чужие руки, папе станет известно, где в данный момент находится Альфонсо. Юлий схватил двоих stajfieri Альфонсо и привез их в Рим. Там их подвергли пыткам, однако они так ничего и не сказали мучителям. Папа усилил давление на Гонзага, послал в Мантую специального представителя, а тот от его имени прельщал Изабеллу, суля блага ее детям, а зятю — Франческо Мария делла Ровере, герцогу Урбино — пообещал отдать Феррару. Юлий напомнил Франческо, что Эсте — исторические враги Гонзага, как бы хорошо ни складывались их теперешние отношения, а Альфонсо — враг вдвойне: он всегда хотел маркизу худого, собирался убить его, высмеять, унизить. Если он останется в Ферраре, то будет самым главным врагом Гонзага. Интриги папы наткнулись на непреодолимое препятствие: с одной стороны, это были страстно защищавшие Феррару Изабелла и Ипполито, а с другой — любовь Франческо к Лукреции.
Лукреция и Франческо продолжали переписываться. Теперь у них был новый посредник — фра Ансельмо. Гонзага посылал ей цитроны и трюфели, она просила его о милости к своим монахиням. Гонзага, несмотря на все свои грехи, исповедовал, подобно Александру, культ Девы Марии. В письме к нему от 2 ноября Лукреция просила, коль скоро прежде он оказывал милости ее монахиням и матери-настоятельнице, похлопотать, чтобы викарий в Мантуе создал новое аббатство, прежде чем вернется в Рим.
Теплоты в отношениях между Лукрецией и Изабеллой по-прежнему не было, даже после смерти Родриго Бисельи. Своей близкой подруге, сестре Лауре Боярда, назначенной Лукрецией аббатисой собора Сан Бернардино, Изабелла написала, что не намерена ни писать, ни посылать гонца с соболезнованиями Лукреции, «чтобы не растравлять ей душу», а потому она доверяет сестре Лауре поступить так, как та считает нужным. Неудивительно, что Лукреция была обижена нарушением протокола и пожаловалась фра Ансельмо, когда тот посетил ее 7 октября. Она расценила его посещение как свидетельство доброго отношения Франческо, но тем не менее выразила некоторое опасение: «Все же я боюсь, что он стал охладевать ко мне… потому что. как мне показалось, он согласился с синьорой (Изабеллой] в том, что никто из них не должен посетить меня и выразить соболезнование в связи с постигшим меня горем…» «Поверьте мне. синьор. — сообщает монах. — эта дама — необычный человек». Лишь в конце месяца Изабелла соблаговолила написать официальное письмо с выражением соболезнования и велела Проспери доставить его в монастырь Сан Бернардино. 20 сентября он, однако, доложил, что когда прибыл в монастырь, обнаружил, что Лукреция оттуда уехала, и он воспринял это как признак того, что Альфонсо скоро будет дома. Однако 9 октября Лукреция в траурном одеянии вернулась в монастырь, а Альфонсо появился лишь 14-го.