После его рассказа всем рыбакам и лодочникам Рима было приказано обшарить реку, пообещали вознаграждение. Сначала обнаружили тело неизвестного человека, затем примерно в полдень возле церкви Санта-Мария-дель-Пополо рыбак по имени Баттистино да Талья вытянул сеть с телом молодого человека. Тот был полностью одет, на руках перчатки, на поясе кошелек с дукатами. Насчитали девять ножевых ран — на шее, голове, туловище и ногах. Это был Хуан Гандийский.
Тело Хуана перевезли в замок Святого Ангела, обмыли, нарядили в парчу с эмблемой гонфалоньера Церкви. Похороны проводились со всеми почестями. Процессия с двенадцатью факелоносцами во главе, папскими клириками, оруженосцами «двинулась без всякого порядка, рыдая и завывая», из замка Святого Ангела к церкви Санта-Мариядель-Пополо, как описывал историк Бурхард. Погребли Хуана в семейной часовне. «Тело уложили на великолепные носилки, так чтобы каждый мог видеть покойного. Казалось, что герцог спит», — завершил комментарий Бурхард. Другой очевидец заметил, что Хуан «выглядел много красивее, чем при жизни». Изысканную речь на панихиде по покойному герцогу произнес гуманист Томмазо Ингирами, известный как Федра.
Горе Александра невозможно описать словами. Даже холодный, не страдавший сентиментальностью Бурхард был тронут:
Когда понтифик услышал, что сын убит и сброшен в реку, словно отбросы, его охватило отчаяние. Испытывая невыносимую сердечную боль, он заперся в своей комнате и горько рыдал. Кардинал Сегорбе (Бартоломео Марти, кузен Родриго) и несколько слуг подходили к двери, умоляли папу открыть, однако он смог прийти в себя лишь спустя много часов. С вечера среды и до субботы папа не ел и не пил, а с четверга и до воскресенья не знал ни минуты покоя.
К понедельнику 19 июня Александр пришел в себя настолько, что смог созвать заседание консистории. На собрании он прочувствованно говорил о смерти сына: «Гандийский герцог мертв. Его смерть доставила нам огромное горе. Не может быть большей боли, чем наша, ибо мы любили его больше всего на свете, более папства или чего бы то ни было. Да если бы нам предложили, мы охотно отдали бы семь тиар, только бы вернуть его к жизни. Господь послал нам это, возможно, за какой-то наш грех. Сам герцог не заслуживал такой ужасной смерти. Мы не знаем, кто убил его и кто сбросил его в Тибр».
По городу расползлись слухи относительно заказчика или заказчиков преступления. Упоминались имена Джованни Сфорца, Гвидобальдо да Монтефельтро и Асканио Сфорца. Однако после того, как Александр реабилитировал тех, кого подозревали, дознания в течение недели прекратились. Похоже, Борджиа прекрасно знали, кто стоял за этим преступлением, и лишь ожидали удобного момента для нанесения удара. Самыми вероятными кандидатами были Орсини, вражда которых по отношению к Борджиа началась с первого года папства Александра, когда они, договорившись, захватили замки Черветери и Ангвиллара. Александр не мог простить им их предательства и перехода на сторону французов в конце 1494 года. Он отомстил им в 1496 году, попытавшись отобрать их земли для Хуана, но искрой, по-настоящему воспламенившей гнев Орсини, стала смерть вождя их клана, Вирджинио Орсини, посаженного в 1494 году за предательство в тюрьму Неаполя и умершего там 13 января 1497 года. Семья была уверена, что произошло это не без участия Борджиа. По законам вендетты смерть Вирджинио требовала отмщения, а что может быть лучше, чем убийство любимого сына понтифика? Согласно венецианскому источнику, оглашенному в конце года, «Папа замыслил погубить Орсини, потому что Орсини убили его сына, герцога Гандийского». Вендетту с большой осторожностью и жестокостью продолжит через несколько лет Чезаре.