Горе и гнев не помешали, однако, Борджиа осуществить намеченные политические и династические цели. На том же заседании консистории, на котором папа оплакивал смерть Хуана Гандийского, Александр вернулся к теме развода Лукреции и Джованни Сфорца. Еще до убийства он с Чезаре замыслил для Лукреции новый брак. Папа назначил сына легатом на коронации короля Федериго в Неаполе, и Чезаре вознамерился выжать из благодарного короля все что можно. Сюда входило и неаполитанское замужество Лукреции, как только будет оформлен ее развод с Джованни. Убийство Хуана замедлило осуществление плана. Чезаре покинул Рим через шесть недель после убийства брата. Коронация Федериго в Капуа состоялась 11 августа. Король и легат вместе предавались всем сомнительным удовольствиям Неаполя. Когда Чезаре 5 сентября вернулся в Рим, агент Изабеллы д'Эсте сообщил: «Господин Валенсии вернулся после коронования короля Федериго, заболев французской болезнью [сифилис]». Еще до его возвращения Асканио Сфорца написал в шифрованном письме Лодовико, что между папой и князем Салерно идут переговоры: «Выдать донну Лукрецию… за сына князя на определенных условиях, которые — если все это соответствует истине — не пойдут на пользу ни королю, ни Италии…»
Вторым мужем Лукреции должен был стать Альфонсо, законный сын Альфонсо II Неаполитанского и брат Санчи. Чезаре смотрел на этот брак как на первую ступень к осуществлению собственных амбиций. Смерть Хуана изменила все: далеко идущие планы семьи связаны были теперь с Чезаре и сосредоточились в 1497 году на его женитьбе на Карлотте, законной дочери короля Федериго. В сентябре комиссия под председательством двух кардиналов объявила о разводе Лукреции и Джованни по причине импотенции мужа. Борджиа насели на Джованни Сфорца, вынуждая его согласиться с разводом. Не желая испортить отношения с папой, старшие Сфорца не стали отстаивать позицию родственника. Всю осень они старались заставить его подписать договор и согласиться с условиями папы, то есть признать, что консумации брака не было. Несчастный Джованни Сфорца отнекивался как мог. Он хотел, чтобы расторжение брака произошло по другой причине: очень уж унизительно звучала для него нынешняя формулировка. Джованни хотел также вернуть себе собственность, находившуюся в руках Лукреции, и не желал отдавать приданое, настаивал также на включении в договор фразы о гарантии невозвращения приданого бывшей жене и будущим ее наследникам.
Подписав документ о расторжении брака по причине отсутствия консумации, он хотел тут же жениться, чтобы оправдать себя в глазах окружающих. Посланный за новым брачным контрактом советник Лодовико, Томассино Тормелли, устало сказал своему хозяину, что если он покажет эту бумагу папе. Александр разъярится. Лодовико надоело нытье Джованни, и 12 декабря он твердо сказал племяннику, чтобы тот следовал решениям Асканио. 21 декабря Лодовико получил от Тормелли письмо. Советник сообщал о радости папы по случаю завершения дела и объявления развода. Папа выразил глубокую благодарность Лодовико за его пособничество. «Радость, которую вы ему доставили, так велика, словно бы вы подарили ему 200 тысяч дукатов». У Александра были причины радоваться: он обрел все, чего хотел, — подтверждение Джованни Сфорца о том, что консумации брака не состоялось (подписано в Пезаро 18 ноября), да и приданое ему вернули в размере 30 тысяч дукатов. Письмо усталого Асканио Сфорца поведало о трудных переговорах, стоявших за окончательным решением: Джованни Сфорца вернули лишь подаренные им Лукреции драгоценности и вещи. По свидетельству папы, стоило все это несколько тысяч дукатов. Лукреция, похоже, не жалела о вынужденном расставании с мужем, с которым она прожила более четырех лет. 20 декабря 1497 года она явилась в Ватикан для оглашения развода и произнесла там красивую речь. Таберна отмечал, что красноречие ее не уступает ораторскому искусству Цицерона. Через полгода Лукреция вышла замуж во второй раз.