Но были у него и враги: исконные, вроде старинных боярских семейств наподобие Шуйских, и новые, коим не нравились ни прошлые его деяния, ни нововведения и реформы, разрушавшие старинный уклад Руси. Ожидая нападения от бояр, бывших соперников в борьбе за доверие царя Федора и близость к трону, он и сейчас, опередив их всех и став царем, ненавидел их и боялся. Борис не был сильным человеком, способным заставить молчать противников, и против него росло недовольство и в боярско-дворянской среде, и среди простого люда: царю не верили так же, как он не верил своим подданным.
Начинался новый век. Первым предвестником грядущей бури стало дело Богдана Бельского: этот боярин, богатый и могущественный, любимец царя Ивана Грозного, был обвинен Борисом Годуновым в измене. Он, будучи посланным строить новый город по имени Борисов, делал все по приказу царскому; служилых людей и строителей кормил хорошо, не жалея ничего; все, кто с ним был, хвалили его милость и щедрость. Но прошел слух, что Богдан Яковлевич величает себя в разговорах с ближними «Борисовским царем», и он не избежал наказания: боярина сослали в отдаленный город, посадив там в темницу, разорили все его и его слуг ближайших имения; по волоску вырвали пышную бороду.
Одна ласточка весны не делает, но для Бориса дело Бельского стало тревожным знаком. Он замыслил сделать так, чтобы все, что на Руси ни делается, ему становилось известно. Своими доносчиками он сделал слуг боярских, награждая примерно за труд во благо царя и отечества. И пошла волна доносов, за которыми последовали многие казни и разорения. Среди наказанных по доносу были бояре Романовы: слуга оговорил, поставив в кладовую, над которой распоряжался, мешок трав разных. Романовы и их друзья (князья Черкасские, Репнины и др.) были арестованы как умышляющие на жизнь царя и его семьи. Долго судили и расследовали, под пытками и на очных ставках выбивали из арестованных оговора друг на друга, лишь в июне 1601 г. сказали приговор: боярин Федор Никитич Романов был пострижен под именем Филарета и сослан в монастырь на р. Сия, что в Сибири; остальные Романовы и все с ними арестованные были сосланы кто куда, но подальше от стольной Москвы. Многие дорогой погибли, лишь Федор (Филарет) да Иван Никитичи выжили, хотя всех царским указом оберегать было велено: «Чтоб им всем в еде, питье и платье никакой нужды не было». За Филаретом в монастыре установили строгий надзор, записывали все речи, что и с кем говорил, обязали приставленного к нему человека, чтоб следил и никого не подпускал из богомольцев; старец кручинился о жене и детях сосланных, ругал тех, кто, обвинив облыжно, привел Романовых на муку.