Но оставались враги и кроме Романовых с Бельским: царь Борис опасался угрозы со стороны Федора Мстиславского, Василия Голицына и Василия Шуйского. Они испытали от Годунова многое: то были в опале, то вновь обретали цареву милость; доставалось и всем, кто входил с ними в сношение.
1602 г. ознаменовался страшным бедствием: на Русь пришел голод. Сначала в 1601 г. дожди все лето не давали хлебу созреть, а затем мороз побил хлеб на корню; в 1602 г. все повторилось вновь. Цены на хлеб выросли в 100 раз, от голода только в Москве погибло до полумиллиона человек. Все устремились в Москву, где царь Борис объявил раздачу денег голодным, но деньги цены уже не имели. Страшный голод длился целых три года, пока наконец новый урожай не прекратил его. Но вдруг все не наладилось: люди все еще болели и умирали, процветали грабеж и разбой; Русская земля полнилась слухами о самозванце, чудом спасшемся царевиче Дмитрии. Говорили, что Дмитрия подменили ночью верные люди, узнав о готовящемся покушении; он спасся на Украине, а затем бежал в Польшу, где его приняли хорошо.
Многие свидетельства, в том числе и совершенно беспристрастные, говорят против него, но очевидно, что Лжедмитрий I был человеком увлекающимся и уверенным в своем избранничестве, убежденным в собственной правоте. Был он, скорее всего, русский, москвич, а не поляк, хотя и появился в Польше (существовало мнение, что самозванец был найден и воспитан там иезуитами). Скорее всего, за ним стояли противники Бориса Годунова; так считал и сам Годунов. Самозванцем российские источники называют монаха Григория Отрепьева. Он был сыном галичско-го дворянина; вместе с отцом оказался в Москве, а когда отца убили, стал служить боярам Романовым и Черкасским, подобравшим его. Из-за связи с опальными боярами он вынужден скрываться в монастыре: юноша принимает постриг и меняет имя с «Юрия» на «Григория». В монастыре Григорий начинает вести крамольные речи, о чем докладывают царю Борису. Видимо, врагам Годунова это стало известно, и они спасают молодого человека от неминуемой расправы: Отрепьев бежит в Муром и оттуда вновь возвращается в Москву. Найдя себе товарищей, он отправляется в Киев, где учится латыни и польскому языку, а оттуда перебирается в Польшу. Отсюда и пошли слухи о явившемся царевиче Дмитрии. Никого не смущало, что он выглядел старше, чем должен был бы выглядеть настоящий Дмитрий, что ни одной сходной черты с погибшим царевичем в нем не было. Поляки принимали новоявленного русского царевича с царским почетом, ожидая, когда взойдет он на престол московский, исполнения всех своих желаний. В Самборе встретил Лжедмитрий Марианну (Марину) Мнишек, дочь тамошнего воеводы, и влюбился. Чтобы жениться на ней, он принял католичество, чем приобрел поддержку польского духовенства и короля Сигизмунда.