В 1479 году, под конец войны, Португалия и Испания заключили соглашение о границе, проведя воображаемую горизонтальную линию через Атлантический океан, определяющую зоны исследований. Соглашение ратифицировал папа. Жуан был убежден, что земли, которые открыл Колумб, находятся в португальской зоне, и приготовился послать туда собственную экспедицию. За разрешением спора Испания обратилась к папе Александру VI. Папа Борджиа, испанец по происхождению, решил дело в пользу Испании, тем самым подарив ей большой кусок Атлантики, который португальцы считали своим. Гегемония Португалии в Атлантическом океане была поставлена под угрозу. Но португальцы не собирались отдавать территории, стоившие им многих затрат и трудов. Жуан пригрозил Испании войной, но в конце концов стороны условились провести прямые переговоры, без участия папы.
В маленьком старинном городке Тордесильяс, на равнинах Центральной Испании, встретились испанская и португальская делегации, чтобы заключить договор о разделе мира. Земной шар был поделен ими надвое от полюса до полюса по Атлантическому океану. К востоку от демаркационной линии была португальская территория, а к западу — испанская. Жуан и его команда астрономов и математиков, обладавшие, вероятно, большим опытом и хитростью, заставили оппонентов передвинуть линию с изначальной позиции, предложенной папой, на тысячу миль к западу — так, чтобы она проходила между португальскими островами Зеленого Мыса и Карибскими островами, открытыми Колумбом, который считал, что они находятся в Азии. Впоследствии это изменение затронуло Бразилию — на тот момент еще не открытую, — помещая ее в сферу португальского влияния.
Впрочем, линия раздела продолжала оспариваться вплоть до 1777 года, поскольку стороны, в ту пору не слишком сведущие в географии Атлантики, затруднялись с определением точной долготы Тордесильясского меридиана.
Как и 1492 год в целом, Тордесильясский договор имел решающее историческое значение. И хотя впоследствии он был одобрен папской буллой, мировая папская гегемония закончилась. Два государства, находящиеся на острие географических открытий, превратили мир за пределами Европы в частное политическое пространство. Координаты новых земель рассчитывали ученые, а монархи производили их захват исходя из своих национальных интересов. «Покажите мне завещание Адама!» — восклицал в этой связи король Франции Франциск I, но прочие европейские нации еще долго не могли соперничать с иберийскими первопроходцами по части расширения своих владений, поскольку не имели необходимого опыта и мастерства в мореплавании. Португальцы оказались удачливее, чем Колумб, вместо Индии угодивший в тупик меж двух Америк. У них было преимущество: они уже более или менее представляли себе, где находится Индия, что и помогло им вскоре совершить первый кругосветный вояж.