Как правило, отряды красных инсургентов формировала советская тайная полиция. Распоряжения и боеприпасы они получали от Украинского штаба партизанского движения во главе с генералом НКВД Строкачем. Один из прославленных партизанских командиров, Сидор Ковпак, возглавлял до войны горисполком Путивля. Ковпак дрался в рядах красных повстанцев против гетманской и германской армий в 1918 году, учился в спецшколе НКВД по подготовке организаторов войны в тылу врага. Советские партизаны проявили себя в начале 1942 года нападениями на гарнизонные части и сотрудников оккупационных властей. После успеха в битве под Сталинградом, когда Красная армия начала продвижение на Украину, внутренний фронт стал серьезной проблемой для нацистов. В 1942 году число партизан не превышало пяти тысяч, к 1944 же году оно выросло почти вдесятеро.
Немцы понимали, что они проигрывают войну не только на фронте, но и в тылу. Пошатнулся их контроль над Украиной, страдали коммуникации и транспорт. Ответом стал террор против мирного населения — жгли целые села, жителей которых винили в вольном или невольном снабжении партизан. Подразделений вермахта в тылу не хватало, поэтому в дело пошла полиция, набранная из местных жителей. В карательных батальонах немало встречалось бывших коммунистов и комсомольцев — ведь вступали туда обычно не по убеждению, а ради спасения от голода и немецких репрессий. Земляки воевали теперь друг против друга, и партизанская война оборачивалась жуткими вендеттами. Ее жертвами часто становились не партизаны и полицейские, а их близкие. Зимой 1942–1943 годов все понимали, что блицкрига не будет, поэтому полицейские все чаще уходили в лес сами. Коллаборанта не всегда можно было отличить от бойца сопротивления. Война тянулась долго, и тысячи людей за эти годы побывали то в одной, то в другой роли.
После занятия Киева Хрущев погрузился с головой в административную работу. Надо было собрать под крышей УССР те земли, что давно принадлежали большевикам, и те, где их режим до войны не успел толком укорениться. В начале 1944 года линия фронта перешла на правый берег Днепра. К концу марта советские войска достигли предвоенной границы с Румынией, заняли Волынь, вторглись в восточные районы Галичины. В октябре — пересекли Карпаты и выбили немцев из Закарпатья. Пропаганда преподносила это как окончательное воссоединение Украины. Никто и не думал возвращать область Чехословакии или Венгрии. Сражения на западе Украины унесли жизни более полумиллиона красноармейцев.
Вспоминая о принудительной реинкорпорации Западной Украины в советскую державу в 1944–1945 годах, Хрущев писал: “Отбросив немцев на запад, мы встретили старого врага — украинских националистов”. Чаще сталинские пропагандисты называли их “бандеровцами” — поскольку среди партизан-националистов наиболее влиятельна была фракция ОУН, чьим лидером считали Степана Бандеру. Так стали называть любого воина УПА — Украинской повстанческой армии, образованной приверженцами Бандеры. Название это далеко не во всем правдиво. Во-первых, не каждый в рядах УПА разделял догмы интегрального национализма или принадлежал к ОУН(б). Во-вторых, сам Степан Бандера так и не вернулся на Украину после того, как был арестован немцами летом 1941 года, и ни в коей мере не командовал армией, окрещенной его именем. В Заксенхаузене и потом в западногерманской эмиграции он стал человеком-знаменем, символом, но не лидером движения.