Тогда в первый раз Мурад стал вынашивать планы ухода от забот о государстве в изолированную частную жизнь, о которой столь страстно мечтал в своем Азиатском дворце в Магнесии. В подготовке к этому шагу Мурад вызвал в Адрианополь своего двенадцатилетнего сына Мехмеда, чтобы тот служил в качестве губернатора под наблюдением великого визиря Халила Чандарлы-паши. Этот шаг Мурада вызвал опасения Халила и других визирей, полагавших, что мальчик, сметливый и не по годам развитой, все же не созрел для подобных ответственных дел управления.
Мехмед II, родившийся при зловещих обстоятельствах – во время чумы, которая унесла жизни двух братьев его отца, имел несчастливое детство и не лучшее воспитание. Он был третьим сыном у отца, отдававшего предпочтение двум его старшим братьям – Али и Ахмеду – и не рассматривавшего его в качестве возможного наследника трона. Более того, матери каждого из братьев были женщинами достаточно благородного происхождения и положения в обществе, тогда как мать Мехмеда была девушкой-рабыней предположительно христианского происхождения. Поэтому в жилах Мехмеда текла кровь, которая придавала ему черты характера, контрастировавшие с чертами, свойственными его отцу и деду.
Воспитывавшийся главным образом нянькой, он был взят у Адрианополя в возрасте двух лет вместе с братом Алаеддином в Амасью, где губернатором был их четырнадцатилетний брат. Город был расположен в гористой провинции Северной Анатолии, между центральным плато и побережьем Черного моря. Это было место, населенное старинными и влиятельными османскими родами, на женщине одного из которых был женат отец Мурада. Амасья являлся также религиозным центром одновременно для исламской знати и для странствующих дервишей, еретиков из Персии. Это было место рождения самого Мурада, считавшего наиболее правильным (как и некоторые султаны более поздних времен) решение посылать своих сыновей под присмотром доверенных чиновников в подобные азиатские провинции, лежащие далеко от столицы, тем самым обеспечивая их изоляцию от народных масс и лишая их возможности участвовать в мятежных движениях. Это была своего рода страховка от подстрекательств к мятежу, более цивилизованная, чем практика братоубийства на имперском уровне, внедренная еще дедом Мурада Баязидом и позже получившая силу закона при сыне Баязида, самом Мехмеде.
Но старшие братья Мехмеда умерли преждевременно. Ахмед внезапно скончался в Амасье, когда еще был подростком. Мехмед наследовал ему на посту губернатора провинции в возрасте шести лет, тогда как его остававшийся в живых брат Алаеддин был переведен губернатором в Магнесию. Двумя годами позже они, по указанию Мурада, сменили места своего правления, а несколько лет спустя Алаеддин скончался. Он был задушен при невыясненных обстоятельствах в собственной постели в Амасье, к большому горю своего отца, любимым сыном которого, как говорили, он был.