Мехмед, теперь очевидный наследник, в возрасте одиннадцати лет был вызван обратно его отцом из Магнесии в Адрианополь. Мурад был совершенно шокирован отсутствием у сына образования. Учителя мальчика нашли, что он трудный ученик, не желающий учиться и в особенности невосприимчивый к религиозным наставлениям. Именно поэтому Мурад выбрал Мехмеду в наставники знаменитого муллу по имени Ахмед Курани для изучения Корана и истории религиозных верований. Курд по происхождению, он изучал законы ислама и теологию Корана в Каире, а теперь преподавал в знаменитой семинарии в Бурсе.
Имеется письменное упоминание, что султан вручил учителю розгу, разрешив ему наказывать наследника, если это будет необходимо. Мулла позанимался с ним, держа розгу в руке, и сказал: «Твой отец послал меня учить тебя, но также держать тебя в порядке, если ты откажешься подчиняться мне». Мехмед рассмеялся в ответ на его слова. Тогда мулла обрушил на него такой град ударов, что начиная с этого момента и впредь ученик относился к своему учителю с большим уважением, вскоре узнав от него весь Коран. Обученный рядом таких просвещенных ученых и советников, Мехмед вырос достаточно хорошо образованным.
К этому времени Мехмеду предстояло во дворце в Адрианополе ознакомиться с ведением государственных дел, – чем занимался его отец, а по возвращении в Азию – великий визирь и его окружение. Мехмед, высокомерный и не по годам развитый, вскоре проявил в своих отношениях с Халилом самонадменную решимость идти своим собственным путем. Через какое-то время после отъезда Мурада сын вызвал в Адрианополе беспокойство своей явной поддержкой еретического религиозного движения в лице персидского миссионера, лидера секты дервишей, которая проповедовала в числе других неортодоксальных взглядов духовное родство Ислама и Христианства. Экзальтированные идеи проповедника незамедлительно нашли отклик в душе Мехмеда. Он по-дружески принимал его при своем дворе и таким отношением помог проповеднику найти свою аудиторию среди жителей города.
Это вызвало тревогу и возмущение религиозной верхушки, возглавляемой великим муфтием, и великого визиря Халила, который был мусульманином старой школы. Застав перса в момент произнесения ересей, они задержали его. Но проповедник исчез и укрылся у Мехмеда во дворце султана. Мехмед, однако, был обязан выдать своего протеже муфтию, который так яростно осудил еретика с кафедры мечети и настолько возбудил чувства толпы против него, что толпа сожгла проповедника, привязанного к столбу, причем муфтий опалил свою бороду, слишком близко подойдя, чтобы поддержать огонь. Аналогичным образом были уничтожены последователи еретика. Инцидент обнаружил со стороны Мехмеда наличие у него пристрастия к персам и к гетеродоксальным взглядам, характерного для его пытливого ума, но чреватого опасными последствиями в будущем. Плохое начало во взаимоотношениях юного наследника с религиозными и гражданскими верхами османов стало ударом по самолюбию совсем еще молодого человека, посеявшим в нем семена горькой обиды, чего он не мог простить Халилу. В Мехмеде, с детства очень замкнутом по характеру, такого рода кризисы лишь усиливали чувство отчужденности.