Мехмед оказывал особое расположение персам, сначала в интеллектуальной, а затем и в управленческой сферах, что служило причиной появления зависти со стороны турок. Число персов, живших и писавших в Османской империи под его покровительством, было большим, чем в любое время до или после него. Даже поэты из турок пользовались персидским стихом. Сам Мехмед написал около восьмидесяти поэм на турецком языке и стал известен как «рифмующий султан». Он внедрял занятия литературой, ежемесячно выплачивая пособия мастерам литературного жанра. Он любил беседы в своем дворце в окружении известных ученых и богословов.
Но в этой обстановке науки прогрессировали сравнительно медленно. Сам Мехмед интересовался астрономией, но главным образом в качестве предпосылки для астрологии. Никогда не предпринимал он важного шага, особенно в военном деле, не проконсультировавшись сначала у любимых астрологов, состоявших при его дворе. Дата и даже час события должны были быть точно зафиксированы относительно положения планет. Все еще мало развитой среди турок оставалась медицинская наука, и собственные медики-советники султана были по большей части евреями из Италии. Выдающейся личностью среди них был Якопо де Гаете, который под именем Якуба-паши достиг должности визиря и на протяжении более чем тридцати лет пользовался большим влиянием при дворе султана не только в медицинских, но и в финансовых вопросах. Он сопровождал султана во всех его военных походах. Венецианцы, постоянно стремившиеся убить Мехмеда, за двадцать лет его правления предприняли через своих агентов не менее четырнадцати попыток отравить султана и с этой целью пытались заручиться поддержкой Якопо, но безрезультатно.
Здоровье Мехмеда не было крепким. В тридцать лет он стал чрезмерно полнеть, результатом чего явились острые проявления наследственного артрита, которые временами делались слишком болезненными. Слишком увлекавшийся плотскими наслаждениями, как в деле любви к еде, так и – в этом отношении будучи плохим мусульманином – особого пристрастия к вину, султан становился все более и более тучным. Он страдал от острых приступов подагры и колик, и наступали все более продолжительные промежутки времени, когда Мехмед не мог покинуть свой дворец. В последующих поколениях средняя продолжительность жизни османских правителей все больше сокращалась. За последние полтора века возраст только одного из них немногим превысил пятьдесят лет. В 1479 году, когда Мехмеду было сорок, у него появилась опухоль на ноге, озадачившая врачей. К концу следующего года, когда Беллини писал его портрет, султан был явно больным человеком.