В 1503 году между султаном, венецианцами и этими различными союзниками был подписан мирный договор, который главным образом подтвердил существующий статус-кво. Но война снизила морскую мощь Венеции к выгоде турецкого флота, который после того стал осуществлять активные рейды не только на восточные, но и на западные берега Средиземноморья. Здесь их приветствовали как «морских гази» мусульмане Испании и Северной Африки. В то же самое время Баязид в больших масштабах поощрял торговую и экономическую экспансию своей империи, выгодно торгуя с купцами итальянских государств и поощряя иммиграцию в свои владения новых групп евреев, которых в конце XV века изгоняли из Испании.
В этот промежуток времени у турок возникли проблемы в Азии с тюркскими кочевниками, теми самыми беспокойными соплеменниками, которые с незапамятных времен скитались по пограничным областям Анатолии и которые теперь, благодаря подстрекательству из-за сирийской и персидской границ, находились в состоянии нарастающего мятежа против центральной власти. В ходе шести последовательных ежегодных военных операций турки сражались за господство над ними против сил мамлюкского султана в Сирии, и мирное соглашение было в конце концов достигнуто только ценой пограничных уступок мамлюкам со стороны турок.
Недовольство тюрок возникло из-за введения по мере развития империи власти централизованной администрации, которая стремилась установить над ними контроль и обложить их налогом, ограничивая их предшествующую племенную автономию и защищая оседлое сельскохозяйственное население от их разрушительных набегов. Носившие красные шапки, известные с тех пор как кызылбаши, или «красноголовые», они были религиозными еретиками. Их интеллектуальным и политическим вдохновителем был Исмаил, новый правитель, который провозгласил себя шахом Персии в 1502 году. Унаследовав амбиции Узун Хасана и племенные связи, Исмаил последовал его примеру, ища союза с Венецией, и сам возглавлял набеги на турецкую территорию. Тем временем мятежные силы кызылбашей, действуя от его имени, стали проникать в Анатолию настолько далеко, что дошли до стен Бурсы, где великий визирь Баязида Али-паша погиб в сражении. Исмаил утверждал, что он является прямым потомком пророка по линии зятя Мухаммеда Али, и провозгласил официальной религией государства шиизм – ответвление ислама, на котором основывалась законность претензий Али на халифат и к которому (с его мистическими и интуитивными характеристиками) народ Персии был особенно привязан. Суннитский же ислам, который поддерживал претензии рода Омейядов и был господствующей верой исламского общества, стал с тех пор известен как «ортодоксальный».