Исмаил приобрел известность как великий суфий, в то время как его гетеродоксальные верования завоевали широкую поддержку по всей Восточной и Южной Анатолии. Баязид сам, с его склонностью к мистике, продемонстрировал некоторую симпатию к философским доктринам суфизма. Но он был обязан отвергнуть его, когда суфизм стал использоваться иностранным монархом в качестве инструмента политической подрывной деятельности в его собственных границах. В результате турецкие армии противостояли Исмаилу, хотя они и не вынудили его принять сражение. Но приход Исмаила к власти должен был вызвать в династии Османов новый конфликт, на этот раз носящий религиозный характер. Из трех остававшихся в живых сыновей султана – все губернаторы провинций – младший, Селим, был наиболее энергичным и воинственным, непохожим на отца, но напоминающим своего деда, Завоевателя. Любимцем Баязида был его второй сын, Ахмед, таланты которого лежали, скорее, в области управления.
Селим, зная, что здоровье Баязида находится в плохом состоянии, и исполненный решимости претендовать на трон, нанес незамедлительный визит в Стамбул, где заручился поддержкой янычар, ныне полных презрения к военной бездеятельности Баязида и вытекающей из этого невозможности для них пользоваться материальными плодами завоеваний. Однако в данный момент Баязид оказался в состоянии помешать младшему сыну и продолжал при поддержке своих чиновников действовать в пользу Ахмеда. Селим бежал в Крым, где губернатором был его сын – в будущем великий султан. Здесь он собрал новую армию, прошел походом по северному побережью Черного моря и захватил Адрианополь. Тем временем Ахмед впал в ересь, облачился в красную шапку кызылбашей и собрал войско, чтобы взять Бурсу. Тем самым он пожертвовал поддержкой со стороны отца. Селим направился теперь с отрядом янычар к Стамбулу, и там Баязид согласился отречься от престола в его пользу. После передачи младшему сыну имперского скипетра смещенный султан попросил разрешить ему удалиться на родину, в Димотику. Но он скончался по пути туда – возможно, он был отравлен по приказу своего сына.
Так началось правление Селима I, Селима Явуза, или «Беспощадного», как его стали называть. Его первым действием по восшествии на трон было удушение с помощью шнурка двух его братьев. Он распространил принцип братоубийства также на четырех своих племянников-сирот, мальчиков пяти лет от роду и старше. Они все были задушены с помощью шнурка. В это время Селим находился в соседней комнате и слышал их крики. Обеспечив таким чудовищным методом себе полную власть дома, Селим направил вооруженные силы в Азию, на восток.