Уфимское наместничество существовало до 1796 года. Центром наместничества являлась Уфа. Указом Павла I от 12 декабря 1796 года восстанавливалось наименование Оренбургская губерния, а указом от 23 марта 1797 года Оренбург вновь объявлялся губернским центром. Были установлены должности военного губернатора и подчиненного ему гражданского губернатора. В Оренбурге недоставало помещений для губернских учреждений. Поэтому в 1802 году губернские гражданские учреждения были переведены в Уфу. В Оренбурге остались военные учреждения и военный губернатор.
Хозяйственное освоение степей. Основание Оренбурга и постройка первых укрепленных пунктов по Яику, Самаре и Сакмаре положили начало новому этапу в заселении и хозяйственном освоении оренбургских степей.
Территория современной Оренбургской области начинает быстро заселяться крестьянами, пришедшими, главным образом, с районов Среднего Поволжья — русскими, татарами, мордвой, чувашами. Это новое пришлое население сложилось, во-первых, в результате мероприятий правительства по заселению нового края (правительственная колонизация); во-вторых, вследствие переселения первыми оренбургскими помещиками-дворянами крепостных крестьян в свои новые имения (помещичья колонизация) и, в-третьих, в итоге вольного крестьянского переселения в девственные степи с разрешения или без ведома властей (народная колонизация).
В конце XVIII века по данным 5 ревизии 1795 года на территории области насчитывалось около 400 населенных пунктов, в них проживало около 100 тысяч человек, не считая казахского населения на левобережье Урала. Русские составляли примерно 44 процента всего населения, татары — 24, мордва — 16, башкиры — 11, чуваши — около 3 и калмыки — 1 процент. Русское население состояло из военнослужащих, казаков и отставных солдат, помещичьих крепостных крестьян и государственных крестьян.
В конце XVIII века на территории нынешней области было три города — Оренбург, Бугуруслан и Бузулук с населением около 9 тысяч человек.
Начатки земледелия в оренбургских степях уходят в глубокую древность. Однако его широкое развитие начинается со времени основания Оренбурга и появления на берегах Урала, Самары, Сакмары казачьих и крестьянских поселений. Новые поселенцы принесли сюда свой земледельческий опыт, орудия труда. Русская соха, татарский сабан проложили первые борозды в дикой степи.
Богатые почвы, огромные степные пространства, годные под пашню, способствовали развитию земледелия. Уже в 1771 году в Оренбургском уезде, равном примерно территории нынешней области, под посевом находилось 15 тысяч десятин. По данным же Генерального межевания Оренбургского, Бузулукского и Бугурусланского уездов (межевание проводилось в основном в 90-х годах XVIII века), пахотные земли в этих уездах достигли 599849 десятин, что составляло 7,2 процента всей отмежеванной земли.