Под руководством П. А. Гладкова шла напряженная работа по выявлению агентуры противника после освобождения военно-морских баз флота в Новороссийске, Севастополе, Одессе, Таллине, Риге и Лиепае. Это было связано с тем, что немецкие разведывательные органы, отступая, оставляли на глубокое оседание опытную агентуру, для борьбы с которой заблаговременно формировались оперативные группы из числа наиболее подготовленных чекистов. Главной их задачей было — вместе с передовыми частями армии и флота, вступающими в населенные пункты, немедленно разворачивать оперативно-поисковую деятельность по установлению вражеской агентуры.
Большую работу флотская контрразведка проводила на территории Прибалтики против профашистских организаций «Омакайтсе», «Кайтселиит» и «Исамаилиит» — в Эстонии, «Айсарги» — в Латвии, «Шума» — в Литве. Кроме того, в прибалтийских республиках отмечалась высокая концентрация белоэмигрантского контингента, бежавшего из Советской России, а также бывших военнослужащих армии Юденича.
Контрразведчики Краснознаменного Тихоокеанского флота (КТОФ) активно действовали в нелегкой борьбе с происками японских спецслужб, особенно их резидентур в лице Японских военных миссий (ЯВМ).
Органы военной контрразведки флота провели значительную работу по предотвращению возможной бактериологической диверсии отряда Квантунской армии № 731. Эта важная деятельность флотских чекистов подробно описана в агентурном деле «Юрта».
Особо опасным японским объектом в деле легального шпионажа на Дальнем Востоке было Генеральное консульство во Владивостоке, проводившее активную разведывательную деятельность по сбору данных о Тихоокеанском флоте.
Здание Генерального консульства находилось на возвышенности, и из его окон открывался прекрасный вид на бухту Золотой Рог. На крыше двухэтажного дома самураи установили постоянный пост визуального наблюдения за бухтой. Тогда и наше руководство придумало простую штуку. Чтобы предупредить визуальную разведку за движением надводных кораблей и подводных лодок флота, военные строители быстренько обнесли здание высоким забором высотой аж восемь метров! По периметру здания постоянно ходили наши патрули. Часть городских районов, примыкавших к местам базирования флота, были закрыты для посещения иностранцев. Это тоже была своеобразная профилактика.
Японская разведка активно вербовала в свои сети представителей так называемых малых народностей Сахалина, Приморского и Хабаровского краев, Камчатки и Чукотки. В 1941–1945 годы японцы предпринимали попытки создать из них разведывательно-диверсионные подразделения.