В сентябре 1960 г. в одном из своих выступлений папа заявил, что собор «будет средством примирения и объединения христианских народов. Его главные цели заключаются в следующем: провести общую реформу, пересмотр и разъяснение доктрин, усовершенствовать структуру церкви для того, чтобы церковь могла охватывать весь мир... Мы сделаем все для того, чтобы они (христиане и представители других вероисповеданий.— И. Л.) обдумали свои ошибки, а мы пересмотрим свое поведение для того, чтобы в конечном счете у всех христиан был один дом».
Два месяца спустя, выступая перед участниками комитета по подготовке собора, Иоанн XXIII вновь заявил, что собор попытается «вызвать всеобщее духовное пробуждение для борьбы с материализмом».
Чтобы облегчить этот процесс, Ватикан реформировал литургические тексты, вычеркнув из них все, относящееся к осуждению других религий, в том числе мусульманской, иудейской и языческой.
Руководящий комитет по подготовке собора возглавляется самим папой. В него входят 35 кардиналов, 5 патриархов, 37 епископов, 11 прелатов и 8 аббатов. Кроме того, создано 10 комиссий, в которых участвуют около 400 церковных иерархов. Большое значение придается комиссии по восточпым церквам, возглавляемой кардиналом Амлето Чиконьяни. В комиссию входят архиепископы и епископы византийской, маронит-ской, коптской и других восточных церквей. Видную роль в этой комиссии играют ректор «Руссикума» иезуит Хорачек и бывший белогвардеец, ныне католический прелат, Андрей Катков. В начале 1960 г. папа в торжественной обстановке принял этих двух отщепенцев и произнес перед ними речь, призывая православных и католиков к совместной борьбе с атеизмом. В заключение, как сообщали газеты, папа «приободрил» своих подопечных, произнеся несколько слов на русском языке.
Другое важное учреждение по подготовке собора — секретариат по делам протестантов, возглавляемый кардиналом-иезуитом Августом Беа, бывшим исповедником Пия XII. Иезуиту Беа дано особо деликатное поручение — обеспечить участие протестантов в соборе. Идея сближения с Ватиканом давно уже поддерживается наиболее реакционными протестантскими кругами в США и Англии. Известно, что сторонником такой идеи был Джон Фостер Даллес, сын которого стал одним из видных руководителей иезуитского ордена. К ней сочувственно относился английский премьер Макмиллан, ее всячески превозносит Аденауэр, в демохристианской партии которого прекрасно уживаются реакционеры — католики и протестанты.
В течение 1959—1960 гг. представители Ватикана вели закулисные переговоры с протестантскими лидерами в США, Англии и Западной Германии с целью обеспечить их участие в предстоящем соборе.