Вечером 5 июня они арестовали помощника командира Черноморского флотского экипажа полковника по адмиралтейству Н.К.Грубера. Этой же ночью были арестованы командир Севастопольского полуэкипажа капитан 1-го ранга Е.Е.Гестеско, его адъютант штабс-капитан С.Ф.Кузьмин и капитан Н.И.Плотников. У Гестеско изъяли личное оружие, на квартире дважды производился обыск, в ходе которого пропали некоторые вещи, матросы пытались унести серебряную посуду.
6 июня в цирке Труцци состоялось делегатское собрание матросов, солдат, офицеров и рабочих. Собрание вынесло резолюцию об отстранении от должности командующего флотом адмирала А.В.Колчака и начальника штаба капитана 1-го ранга М.И.Смирнова. Решено было обыскать и обезоружить всех офицеров армии и флота.
Желая избежать кровопролития, А.В.Колчак отдает следующий приказ, распространенный по радиотелеграфу: «Считаю постановление делегатского собрания об отобрании оружия у офицеров позорящим команду, офицеров, флот и меня. Считаю, что ни я один, ни офицеры ничем не вызвали подозрений в своей искренности и существовании тех или иных интересов, помимо русской военной силы. Призываю офицеров во избежание возможных эксцессов, добровольно подчиниться требованиям команд и отдать им все оружие...».
В этот же день, 6 июня, после 17 часов члены судового комитета флагманского броненосца «Георгий Победоносец» пришли в каюту к адмиралу с требованием сдать оружие. Колчак выставил делегацию из каюты, а затем, выйдя на палубу, выбросил за борт свою Георгиевскую саблю с надписью «За храбрость», полученную за оборону Порт-Артура. Есть сведения, что Георгиевское оружие А. В. Колчака было извлечено со дна бухты водолазами 27 июля 1917 года и передано на хранение командиру линейного корабля «Георгий Победоносец». Чуть позже, согласно постановлению судового комитета, особая делегация Черноморского флота вручила его бывшему командующему в Петрограде.
Вечером 6 июня начальник штаба ЧФ М.И.Смирнов телеграфировал в столицу Временному правительству о произошедших событиях. И уже ночью получил ответную депешу, подписанную князем Львовым и Керенским. В ней содержался приказ Колчаку и Смирнову немедленно выехать в Петроград для личного доклада. Временное командование флотом должен был принять адмирал В.К.Лукин. В телеграмме также строжайше требовалось возвратить оружие офицерам.
В июне активизировались действия немецкого флота на Черном море. Подводная лодка ПВ-14 потопила парусник и высадила диверсантов на кавказское побережье. С новыми, более мощными орудиями вышел и крейсер «Бреслау». Он поставил мины в дельте Дуная и захватил, после обстрела, остров Фидониси (Змеиный). В полдень 25 июня крейсер был обнаружен наблюдателями российского линкора «Свободная Россия» (бывший «Императрица Екатерина Великая»). Орудия линкора и эсминца «Гневный» открыли стрельбу по немецкому крейсеру, однако дистанция была слишком велика, и «Бреслау», отстреливаясь, полным ходом ушел в Босфор под защиту эсминцев, подводных лодок и береговых батарей. Последние выстрелы Первой мировой войны на море прозвучали около 17-00. На минах, поставленных «Бреслау» у острова Фидониси, 30 июня подорвался и затонул русский эсминец «Лейтенант Зацаренный».