При церкви Святителя Николая в Дербеневе была открыта одноклассная смешанная церковно‑приходская школа на сорок человек и богадельня на восемь человек. Призреваемые пользовались квартирой, отоплением, освещением, углем, водой и небольшим пособием. В 1906 году храм попал в криминальную хронику: «Вчера в сумерках к храму св. Николая чудотворца, что в Дербенах, в Уланском пер., подошел прилично одетый юноша, положил около стены храма какой‑то сверток и, вынув из кармана коробку спичек, хотел зажечь одну, но в это время заметил, что на него смотрит стоявший невдалеке мальчик. Молодой человек, бросив спички, убежал. Мальчик сообщил о происшедшем дворнику. Тот дал знать полиции. В оставленном молодым человеком свертке оказалась бомба с фитилем»[21].
Храм Святителя Николая в Дербеневе был закрыт в 1927 году. С этого времени начались многочисленные перестройки церкви. Каждое учреждение старалось переделать здание в соответствии с собственными нуждами. Сначала разобрали завершение храма, колокольню до первого яруса и ограду, вместо которой появился кирпичный забор. Настенная роспись и иконостас были уничтожены. В 1929 году хозяева полностью доломали колокольню. В 1950‑х годах Никольская церковь была обезображена до неузнаваемости. Над четвериком соорудили чердак, внутри сделали антресоли, пробили стены апсиды, сбили большинство декоративных деталей петровского времени, оштукатурили фасады, сделали пристройки. В 1960‑х годах был застроен церковный погост, доходивший до Стрелецкого переулка. Внутри храма находился гараж Московского округа ПВО, и внутрь попасть было невозможно.
Богослужения в церкви Святителя Николая в Дербеневе возобновились в 1994 году. Только через шесть лет начались восстановительные работы, которые не закончены и по сей день. Но сделано уже многое: полностью отреставрированы внутренние помещения храма, установлен временный иконостас, построена крестовидная купель, частично восстановлены фасады южного и северного приделов, завершены работы по ремонту кровли, восстановлены главный купол, малые главы над южным и северным приделами с установкой над ними крестов. Еще предстоят работы по восстановлению колокольни, реставрации четверика, главного придела и апсиды, а также по благоустройству территории храма, которые включают в себя восстановление ограды, вертикальную планировку и озеленение. Сегодня при Никольском храме создана и действует служба поддержки и помощи молодым людям, желающим обрести веру. Приход помогает приюту для детей и подростков «Ховрино».