Елена Акселевна написала отцу Иоанну о некоторых сверхъестественных явлениях, которые ей пришлось пережить, и старец в ответном письме рассказал о похожих случаях, происходивших среди монастырской братии: «В монастыре у нас тоже бывают подобные явления. Я тебе говорил, что схимонах Пионий слышал голос: «Я такой-то святитель». И отец Пионий кланялся ему. Впоследствии не стал обращать на голоса внимания, хоть и слышал их. Тогда поменьше стали говорить. Какой-то головной недуг. У схимонаха Николая была галлюцинация. Видел разные явления и слышал голоса. Потом все это прошло» (24.09.1952). Но и сам старец иногда чувствовал нечто странное: «Я тоже испытываю ночью страх, что кто-то есть в келлии. Тогда углубляюсь в молитву, и делаю крестное знамение, и читаю Евангелие, что знаю на память» (01.09.1953).
Некий инок говорит мне: «Вот уже сколько времени, как раз в два часа утра, стучат в углу, а сегодня в раму, и очень крепко». Он думал, что стучит ангел. Я сказал ему: «Не ангел, а бес. Теперь не будет больше стучать». Так и сбылось: перестал стучать» (17.09.1953).
Днем ночные ужасы не страшили, но и тогда случалось беседовать с посетителями монастыря о сверхъестественных явлениях: «Один мирянин сказал о своей жизни, что он живет хорошо и видит сны пророческие, которые сбываются. Я позвал его в келлию и поговорил с ним. Он сказал: «Кто живет худо, у того и сны худые, а кто живет хорошо, у того и сны хорошие». Конечно, я говорил с ним много, он удивился.
Вот еще одна мне сказала: «Я святая». У меня тогда не было времени поговорить с ней, а теперь скажу: «Такие не бывают святыми».
У нас есть прозорливцы, но в своем отечестве пророки без чести. Знаешь монаха Бориса? Он теперь ходит в церковь в полумантии и в камилавке. Говорит, что в этом году умрет. Пошел ему восьмидесятый год. Ему сказано, что в этом году умрет» (22.08.1955).
«Посетил я монаха Бориса, у него сильный кашель, говорил он мне о чудотворной иконе, которая у него в келлии, затем показал мне свой дневник. [...] Как ему верить о явлении ему Божией Матери? Преподобному Сергию Радонежскому явилась Богородица, и преподобный Михей тоже тут стоял, но не мог смотреть на Богородицу, закрыл руками свои глаза[6]. А Борис с умилением взирал на Пречистую Деву Богородицу» (08.09.1955).
Позже отец Иоанн поведал о своем собственном опыте встречи со сверхъестественным: «Жил я в скиту, пели мы с другим монахом, и во время службы, когда читали шестопсалмие, этот монах задумался. Я почувствовал его мысли, хотел стукнуть его по плечу и сказать: «Что ты замышляешь худое?» Но воздержался, думаю: надо проверить, будет ли так делать, как обдумал? Оказалось, он в точности так и сделал, как думал…