Методология, лечебная тактика и стратегия натуротерапии основывается на знании, тонком исследовании и учете действительных отношений, возникающих в различных системах организма при патологии механизмов регуляции внутренней среды при различных условиях. Учитывая наличие в организме огромных резервных возможностей для самосохранения и исцеления, натуротерапия стремится их высвободить, устраняя все препятствия, мешающие функциям дыхания, питания и выделения. Наивно излечивать хроническую патологию одними медикаментами.
Излагая суть натуротерапии и отличие ее от ортодоксальной терапии, А. С. Залманов указывал: "Скрупулезные описания специальной патологии перегружены устаревшими концепциями. Каждый маленький синдром окрещен абстрактным термином. С истинным самозабвением старательно группируются незначительные локальные поражения, но о больших потоках жизни не отдают себе отчета. Когда патологи и клиницисты поймут и осознают, что в большинстве заболеваний первостепенным фактором является закупорка капилляров, артериол, бронхиол, проходов, забитых гигантскими перекисленными молекулами метаболитов, тогда число этикеток болезней сократится. Также уменьшится избыток медикаментов и хирургических вмешательств, а простая, действенная и скромная терапия будет, наконец, применяться прозревшими врачами.
Нездоровое изобилие фармацевтического арсенала должно уступить место применению минимума лекарств, не вредящих организму, но стимулирующих его защитные реакции, чтобы снять блокаду с механизмов ауторегуляции".
С учетом этих положений и установок натуротерапия подразумевает использование естественных различных методов воздействия на нарушенные функции целостного организма (целесообразные режим питания и пищевые добавки, водолечение, русскую баню, сауну, капилляротерапию по А. С. Залманову, фитотерапию, акупунктуру, массаж, мануальную терапию, гирудотерапию, дыхательную гимнастику, аромомузыколандшафт — терапию, смех и другие методы и средства).
Методы капилляротерапии по А. Залманову в виде гидротерапии ваннами со специальной, им разработанной, белой эмульсией и желтым раствором "Скипидар", как и смешанные ванны, направлены на стимуляцию и нормализацию сосудистой системы организма для орошения кислородом и внеклеточными жидкостями тканей, органов и организма в целом. Он построил свою теорию, исходя из установки о том, что организм сам должен справляться с болезнью. Лечебные же мероприятия должны быть направлены на мобилизацию естественных защитных механизмов. Как указывал А. С. Залманов, изолированные поражения отдельных органов встречаются только лишь в учебниках для медицинских вузов.