Под командованием адмирала Шмидта находились:
III эскадра (вице-адмирал Бенке) в составе линейных кораблей «Кёниг», «Байерн», «Гроссер Курфюрст», «Кронпринц» и «Маркграф».
IV эскадра (вице-адмирал Сушон) в составе линейных кораблей «Фридрих дер Гроссе», «Кёниг Альберт», «Кайзерин», «Принц-регент Луитпольд» и «Кайзер».
II разведывательная группа (контр-адмирал фон Рейтер) в составе легких крейсеров «Кёнигсберг», «Карлсруэ», «Нюрнберг», «Франкфурт» и «Данциг».
Легкие крейсера морских сил Балтийского моря «Кольберг», «Страсбург» и «Аугсбург» (вице-адмирал Гопман).
Из миноносцев были выделены (под командованием коммодора Генриха, находившегося на легком крейсере «Эмден») II флотилия в составе десяти миноносцев, VI флотилия в составе одной полуфлотилии, VIII в составе одиннадцати миноносцев, затем 7-я и 13-я полуфлотилии миноносцев, IX флотилия в составе одиннадцати миноносцев, шесть подводных лодок Курляндской флотилии, 2-я флотилия тральщиков, четыре дивизиона траления мин и одна полуфлотилия катерных тральщиков, насчитывавшие свыше шестидесяти моторных катеров. Сюда надо еще добавить флотилию капитана 2-го ранга Розенберга, в распоряжении которого находилось более семидесяти двух судов (рыболовные пароходы и другие). Для перевозки войск было реквизировано девятнадцать пароходов с общей вместимостью 153 664 тонны.
Решение о выполнении операции было принято 12 сентября. 9 октября войска были посажены на транспорты, а 11 октября транспортный флот под охраной линейных кораблей и легких крейсеров вышел в море. Из-за неблагоприятной погоды, удерживавшейся в конце сентября и начале октября, подготовительные тральные работы затянулись, между тем командование с нетерпением ожидало начала общей операции.
Эта отсрочка пошла на пользу транспортному флоту, дав ему случай напрактиковаться в производстве посадки и высадки войск, что впоследствии сильно способствовало удачному ходу десантной операции. Количество пароходов было недостаточным для перевозки десантного корпуса со всем снаряжением одним рейсом; поэтому пришлось образовать два эшелона. Это обстоятельство также говорило за то, что операцию следовало начинать после окончания протраливания прохода через Ирбенский пролив с тем, чтобы направить второй эшелон в Аренсбург и избежать опасности со стороны подводных лодок.
Сложные подготовительные работы по установлению правил посадки войск на транспорты, а также по выработке планов действий на суше и связанных с ними действий флота — были проведены в полном согласии между сухопутным и морским командованием. Благодаря этому операция по захвату островов Эзель, Моон и Даго протекала в соответствии с намеченным планом и привела к полному успеху.