Хотя за такие свои преступления царевич «достоин был лишения живота», однако царь «его прощает и от всякого наказания освобождает» (?), но «для пользы государственной» и ради сохранения как завоеванных «провинций», так и всего совершенного «неусыпными трудами нашими» государь лишает сына своего Алексея наследства престола, а «наследником определяет другого сына, Петра», и те, которые «будут считать Алексея за наследника», объявляются изменниками отечеству и государю.
Несмотря на вторичное письменно объявленное прощение, вслед за тем и начался жестокий судный розыск над Алексеем и его сторонниками. Ему были предложены вопросные пункты касательно его бегства и пособников. Царевич на эти пункты написал довольно подробный рассказ с указанием на роль главного пособника, т. е. Александра Кикина, потом на Никифо-ра Вяземского, на московского своего духовника протопопа Якова Игнатьева и петербургского протопопа Георгия, камердинера своего Ивана Большого Афанасьева, Семена Нарышкина, Федора Дубровского; упомянул о сношениях своих с князьями Василием Владимировичем Долгоруким, Федором Матвеевичем Апраксиным, сибирским царевичем и некоторыми другими лицами.
В разные места поскакали курьеры, хватали большую часть оговоренных лиц и везли их в Москву на розыск, т. е. на пытки. В застенках Преображенского тайного приказа засвистали кнуты, неумолчно раздавались удары по голым спинам вздернутых на дыбу и вымучивались всевозможные относящиеся к бегству царевича показания, которые дьяки тут же записывали. Иногда, кроме того, подсудимые писали еще собственноручные признания. Более всех мучили Александра Кикина, его принимались пытать несколько раз, причем добивались сознания не только в делах, но и в речах или беседах, отдельных фразах и даже в самых мыслях. Затем суд, наряженный из высших чинов, приговорил Кикина к смертной казни (колесованию) с отобранием всего его имущества на государя. Такому же розыску, а впоследствии и смертному приговору подвергся камердинер царевича Иван Большой Афанасьев, тому же подвергся оговоренный Афанасьевым дьяк Федор Воронов, который повторял слова князя Василия Долгорукова, сказанные при возвращении Алексея: «Едет сюда дурак царевич для того, что отец ему посулил жениться на Афросинье; желвь ему — не женитьба будет». Служители царевича Иван Меньшой Афанасьев (брат предыдущего), Федор Еверлаков и некоторые другие подсудимые после пыток биты кнутом и сосланы в Сибирь. Учитель царевича Никифор Вяземский был пытан и потом сослан в Архангельск. Пытаные оговаривали еще разных лиц, которых хватали и подвергали расспросу. И все за разговоры или словесные отзывы о деле царевича. Однако знатным лицам оказывалось большее или меньшее снисхождение. Так, генерал-лейтенант князь Василий Долгорукий был привезен в Москву в кандалах и подвергнут допросу, хотя и без пытки, но за него вступился его родственник, столь известный князь Яков Федорович Долгорукий и написал царю челобитную о милосердии; сам князь Василий подал повинную грамоту. Наказание его ограничилось ссылкой в Соликамск (из которой впоследствии был возвращен).