Царевна Марья Алексеевна также была подвергнута допросу, конечно, без пытки. Но так как открылись ее тайные сношения с инокиней Еленою (Евдокией Федоровной из рода Лопухиных), то за бывшею царицей в суздальский Покровский монастырь поскакал Преображенский капитан Скорняков-Писарев. Войдя неожиданно в ее келью, он застал ее не в монашеском, а в мирском платье, перерыл ее сундуки и нашел несколько подозрительных бумаг, а на жертвеннике в Благовещенской церкви — писаную ектенью, которая поминала о здравии «благочестивейшую великую государыню Евдокию Федоровну». Привлечение к суду Евдокии-Елены широко распространило и усложнило судный процесс, ибо повело за собою арест многих связанных с нею лиц, каковы брат ее Авраам Лопухин, князь Семен Щербатый, суздальский протопоп Андрей Пустынный, ключарь Федор Пустынный, старица-казначея Маремьяна, старица Каптелина и т. д. Из показаний стариц Маремьяны и Каптелины открылась любовная связь Евдокии Федоровны с генералом Степаном Богдановичем Глебовым, с которым она познакомилась во время его приезда в Суздаль для рекрутского набора. Разумеется, Глебов был немедля схвачен. Он сознался в означенной любовной связи и в получении от нее писем, писанных старицей Каптелиной. Сознание, однако, не спасло его от пыток, посредством которых тщетно вымучивались показания о прикосновенности его и бывшей царицы к бегству царевича. Из розыска, между прочим, открылись дружба и сношения Евдокии и Глебова с епископом ростовским Досифеем, прежде бывшим архимандритом Спасского Евфимьева монастыря. Оказалось, что именно он поощрил Евдокию снять монашеское платье, покровительствовал ее связи с Глебовым, поминал ее царицею и пророчествовал, что государь опять возьмет ее к себе. Арестованный Досифей был соборне лишен архиерейского сана и назван просто расстригою Демидом, а затем подвергнут розыску и неоднократным пыткам. Одновременно с ним таким же пыткам подвергли и брата Евдокии Авраама Лопухина. Пытали также и князя Семена Щербатого. Не перечисляем разных второстепенных лиц, привлеченных к розыску по так называемому Суздальскому делу, т. е. за сношение с бывшей царицей или услуги, ей оказанные. В средине марта 1718 года последовал по сему делу приговор: Степан Глебов был посажен на кол, бывший епископ Досифей колесован, ключарь Федор Пустынный и певчий царевны Марии Федор Журавский также казнены смертью. На кремлевской площади поставили каменный четырехугольный столб, на котором положили трупы казненных, и головы их воткнули на железные шпицы, утвержденные по сторонам столба. Авраам Лопухин, подобно Ивану Афанасьеву, пока не казнен и отослан в Петербург для продолжения розыска. Остальные биты кнутом и сосланы, причем некоторые, как князь Семен Щербатов, с урезанием языка и вырыванием ноздрей. В числе осужденных женщин были княгиня Настасья Голицына, которую наказали батогами и сослали на прядильный двор, и княгиня Настасья Троекурова (сестра Авраама Лопухина), которая «по жестоком наказании» (бита кнутом) сослана в дальний монастырь. Сама бывшая царица Евдокия-Елена Федоровна отправлена в заточение в Ладожский девичий монастырь, а царевна Мария Алексеевна — в Шлиссельбург (в следующем году возвращена в Петербург, где скончалась в 1723 году).