Через несколько лет после вступления на императорский трон Рудольф II серьезно заболел. С этого времени его физические и душевные недуги переплетаются в трагический клубок, в котором почти невозможно разобрать, что было причиной, а что — следствием. Очевидно, сыграла свою роль как генетика (прабабкой Рудольфа была безумная испанская королева Хуана), так и внешние обстоятельства — в частности, напряженные отношения с родственниками из младшей, штирийской ветви рода Габсбургов, имевшей большое влияние в Вене. Вероятно, это и послужило одной из причин переезда Рудольфа II и его двора в Прагу.
История правления Рудольфа — это, во многом, история его болезней. После болезни он сделался нелюдимым и замкнутым, стал тяготиться собраниями и приемами, перестал появляться на охотах, турнирах и праздниках. С годами в нем развилась мания преследования — панический страх перед ядом и порчей. Меланхолия порой сменялась буйными припадками бешенства, когда император вскакивал с места и принимался крушить мебель, статуи, часы, рвать картины и бить дорогие вазы. Его психическое состояние резко ухудшилось, он стал еще более мрачным, подозрительным, меланхоличным и склонным к неконтролируемым вспышкам гнева: «Людям, окружавшим императора, казались ненормальными многие его реакции, но его врачи колебались с диагнозом. Даже если они и понимали, что Рудольф страдает серьезным психическим расстройством, то не отваживались ясно сформулировать свою точку зрения. Между тем вспышки ярости, сменявшиеся периодами апатии и депрессии, все более ухудшали состояние императора».
Психическое состояние Рудольфа II сказалось как на ведении государственных дел, так и на личной жизни императора. Он выгнал своих гофместеров Траутзона и Румпфа, приблизив к себе людей совсем иного сорта — своего камердинера Филиппа Ланга, простого слугу Иеронима Маховского и даже некоего истопника. Вряд ли тут можно говорить о каком-то демократизме императора — скорее он просто окружил себя людьми, которые бессовестно льстили ему, потакали его прихотям и не досаждали повседневными делами, к которым Рудольф питал всё большее отвращение.
Вялый, апатичный человек, не любивший разбирать религиозные распри, далекий от государственного управления, он больше интересовался внеземными делами — астрологией. Свою императорскую корону, сделанную для него в 1602 году уже после восшествия на престол в 1576 году, он практически не надевал. Такой она и сохранилась — по прямому назначению неиспользованной.
Со времен Средневековья императорские регалии некоторых австрийских монархов, чешских и венгерских герцогов и князей хранились в Нюрнберге. Власть в странах Восточной Европы того времени переходила по наследству, и коронация как законодательная, церковная процедура случалась не часто. Легитимной необходимости в таком торжественном государственном акте не было. И традиции коронации, как во Франции или Великобритании, ни на немецкой земле, ни на венгерской, ни на чешской не закрепились. Каждый влиятельный герцог, даже император, мог иметь свою личную корону, которую он надевал во время торжественных случаев. И каждый новый правитель изготавливал себе собственную. Императорскую корону Рудольф не наследовал, ему ее никто не передавал. Во время коронации ему дали корону Карла Великого, а потом отобрали. И только почти через 30 лет он приказал изготовить себе личную корону…