В 1602 году по случаю одного торжественного события ему потребовалось предстать в полном императорском облачении. И оказалось, что у него нет подобающей короны. В том же году из Антверпена в Прагу вызвали одного из самых известных ювелиров того времени — Жана Вермейена. Ему показали образцы имевшихся во дворце в Праге старинных корон. Потом повезли в Нюрнберг, где продемонстрировали другие короны и, в частности, корону Карла Великого. Нужно было сделать похожую, но которая соответствовала бы и новому времени, и величию императорского трона. Для работы он мог использовать большое количество золота, драгоценных камней и жемчуга. Мастер согласился. За основу он взял чешскую княжескую корону святого Вацлава.
Корона императора Рудольфа состояла из трех частей: венца, высокой дуги и митры. Венец символизировал королевскую власть. Он состоял из восьми лилий, которые геральдически были связаны с лилиями французской королевской династии Валуа. Цифра восемь в короне не случайна. Корона Карла Великого состояла из восьми пластин, поэтому цифра восемь для Рудольфа должна была «по наследству» стать счастливой. Митра состояла из двух частей, между которыми проходила дуга, как в короне Карла Великого. Митра была сделана из золота и разделена на четыре секции, на каждой изображены важнейшие события из жизни Рудольфа II: он стоит на коленях при вручении ему короны Карла Великого; как король Венгрии он въезжает для коронации в Пожони (современная Братислава); он, как король Чехии, во время коронационной процессии в Праге; и четвертая — его победа над турками, хотя сам император ни в одном из военных действий участия не принимал. На дуге была выгравирована надпись по-латыни: «Сделана для Рудольфа II, римского императора, короля Венгрии и Богемии».
Период его правления был далеко не безмятежно-счастливым. Он характеризовался прежде всего углубляющимися разногласиями между католиками и некатоликами. Появилось новое поколение католиков, воспитанных уже в иезуитских школах. Но существовало и новое поколение некатоликов. Равновесие между ними нарушается в 1599 году, когда, по наущению испанского посла и папского нунция, Рудольф II выдворил протестантских чешских сановников и заменил их католиками. Иржи Попел, глава католической «новой волны», бескомпромиссно выступая против протестантов, одновременно занимал все новые и новые должности, получал титул за титулом. По Праге начали распространяться слухи, что он намеревается стать чешским королем и свергнуть слабого Рудольфа. Тот, решив предотвратить возможное, приказал арестовать Иржи Попела, бросить его в тюрьму и конфисковать имущество. Его дочь, молодая красавица Эва Эйсебие Мария, после пяти лет заключения отца пошла было ходатайствовать перед королем, подкупив одного из трех камердинеров Рудольфа (именно от них, как правило, зависело, кого примет император и король), но так и не решилась на это. Дело в том, что влечение Рудольфа к молодым красоткам ни для кого не было тайной… Так Иржи и отсидел в тюрьме еще пять лет вплоть до самой своей смерти.