В начале XVII века вспыхнула новая война с Турцией. Граница Османской империи проходила посередине Венгрии, и здесь всегда было неспокойно (как уже упоминалось, в боях против турок в 1562 году погиб вблизи Мохача чешский и венгерский король Людовик Ягеллонский, после его смерти оба престола занял австрийский эрцгерцог Фердинанд Габсбург, дед Рудольфа II). Венгрия и стала главной ареной сражений. Счастье попеременно улыбалось обеим сторонам. Армия Рудольфа II взяла крепости Дьёр и Эстергом, отбила у врага Пешт, однако Буда осталась в руках османов. Казалось бы, начало исполняться одно из желаний Рудольфа II — мечта стать великим христианским завоевателем. Именно к этому периоду относится гравюра Рудольфа работы Саделера, изображающая его как триумфатора, и его бюст в панцире работы Адриана де Вреиса. Но когда Рудольф покорил Трансильванию, он решил провести насильственную католизацию, чего он до сих пор не делал, вызывая тем самым недовольство Испании и папской курии. В возвращенных провинциях и в старой части Венгрии и Трансильвании, где теперь было немало протестантов-лютеран, Рудольф запретил любое некатолическое вероисповедание.
Претворить приказ в жизнь было поручено генералу Бельхиосу, военачальнику перед лицом неприятельских армий весьма неудачливому, зато большому специалисту по части подавления и принуждения гражданского населения. Результат не заставил себя долго ждать — началось восстание под руководством венгерского дворянина Иштвана Бочкаи. К тому же венгерская шляхта снова разделилась на два лагеря — сторонников и противников императора, что было вызвано не в последнюю очередь суровой антипротестантской политикой имперского правительства.
Мятежники провозгласили Иштвана Бочкаи венгерским государем. Восстание охватило всю Венгрию, а вслед за этим началось новое наступление турок. Когда, наконец, Бочкаи ворвался в Моравию, Рудольф II был поставлен перед необходимостью подписать мирный договор. Сложилось, по сути дела, патовое положение.
Император не хотел никого слышать. В этот период у Рудольфа уже возобладали мизантропические настроения. Избегая принятия каких-либо решений, он редко встречался даже с императорскими и земскими сановниками, не доверяя им. Посредниками между Рудольфом и правительством стали его… камердинеры. Знаком их достоинства (и власти) была золотая цепочка, на которой висел символический ключ от императорских комнат. Наиболее известным из камердинеров был упомянутый выше Филипп Ланг, взяточничество и нечистоплотность которого в делах в значительной мере способствовали непопулярности правительства Рудольфа II.