Вести переговоры о мире с венгерскими повстанцами и турками Рудольфу не хотелось. И он поручил это дело своему брату Маттиасу. Большей ошибки король не мог сделать. Если недоверие к людям у Рудольфа уже тогда носило характер мании преследования, то в отношении эрцгерцога Маттиаса оно было полностью оправданным. Этот Габсбург отличался большим честолюбием, ни в коей мере не соответствующим его способностям. Маттиас был самым честолюбивым из сыновей Максимилиана II. По завещанию отца все наследство досталось старшему — Рудольфу, и Маттиас долгое время добивался у брата какой-нибудь значительной должности. В 1578 году он даже пустился на авантюру, бежав в Нидерланды, где сторонники независимости подняли восстание против испанского владычества. Генеральные штаты — сословное собрание Нидерландов — провозгласили молодого Габсбурга штатгальтером (высшим должностным лицом). Однако лишенный политических дарований эрцгерцог стал игрушкой в руках противоборствующих группировок и через три года бесславно вернулся в Вену, где выслушал от брата-императора немало гневных упреков. Отношения Маттиаса с Рудольфом II с той поры были испорчены. Тем не менее в конце 90-х годов XVI столетия император назначил брата наместником в Австрии и несколько раз поручал ему командование войсками, сражавшимися против турок. Лавров на этом поприще Маттиас, впрочем, тоже не сыскал. Большинство историков считает Маттиаса одним из наименее одаренных Габсбургов. Некоторые исследователи полагают, впрочем, что Маттиас был скорее фигурой трагической. Обладая определенными способностями и большим честолюбием, он умело плел интриги и в конце концов добился вожделенной власти, однако впоследствии оказался слишком слабым для того, чтобы противостоять могущественным религиозно-политическим группировкам и предотвратить их столкновение, переросшее впоследствии во всеевропейскую войну. Маттиасу удалось найти в лице венского епископа Мельхиора Клесла умного советника, который, в ущерб Рудольфу, помог ему подняться очень высоко.
Венский мир с венгерскими повстанцами и Турцией (1606) означал потерю всех прежних завоеваний и признание религиозной свободы в венгерской части монархии. Венское соглашение с венгерскими повстанцами гарантировало дворянам и горожанам Венгрии, а также пограничной страже, охранявшей рубежи габсбургских земель от турок, свободу вероисповедания. Были подтверждены основные привилегии венгерского дворянства, обещано расширение прав королевского совета и восстановление в Венгрии должности канцлера. Трансильванское княжество признавалось независимым. Таким образом, Венгрия получила особый статус в рамках империи Габсбургов — и, хотя этот статус в XVII столетии неоднократно нарушался, прецедент был создан. Отныне Венгрия, точнее, дворянство как ведущий в политическом отношении слой венгерского общества, имела юридически закрепленное признание собственной особости. Кроме того, к венгерским дворянам присоединились австрийские и даже моравские. Эта австро-венгеро-моравская сословная конфедерация, возглавляемая Маттиасом, представляла собой уступку основным принципам габсбургской политики: использовать абсолютную власть монарха для борьбы против антикатолической оппозиции. Маттиас стал венгерским королем и, за исключением центральной части монархии, т. е. Чешского королевства, поднял всю империю против Рудольфа. Маттиас двигался с войсками на Прагу. Но тут (1608) происходит нечто почти невероятное. Чешские, силезские и лужицкие подданные встали на сторону Рудольфа. Похоже, что чешские сословия приняли за оскорбление, что с ними никто предварительно не посоветовался: они считали себя важнейшим политическим звеном в габсбургской монархии.