Сыграл здесь свою роль и тот факт, что к конфедерации присоединились также моравские сословия. Поэтому и не нашла отклика пламенная речь моравского гетмана Карела из Жеротина, приехавшего на заседание чешского сейма с целью призвать чешские сословия присоединиться к оппозиции против Рудольфа. Когда же Маттиас подошел с войсками к Праге, чехи сумели с оружием в руках постоять за своего короля…
Последовавший за этим Либеньский мир стал, однако, для Рудольфа катастрофой. От его империи ему остались только земли королевства Чешского без Моравии и императорский титул. Остальная часть габсбургской монархии перешла во власть Маттиаса как венгерского короля и признанного наследника императорского престола. Помимо того, Рудольф вынужден был подписать в 1609 году указ о свободе вероисповедания в Чешском королевстве, ставший вознаграждением чешским протестантам за их верность Рудольфу в его борьбе с Маттиасом. Этот указ вошел в историю под названием «Грамота Его Величества Рудольфа».
Начиная с этой минуты, Рудольф думает только о мщении: он любой ценой хочет отомстить братупредателю и «неблагодарным» чешским протестантам, принудившим его издать грамоту. Он ищет и находит поддержку у своего двоюродного брата Леопольда, епископа Пассау. Этот безответственный и авантюрный служитель церкви, мечтающий стать наследником императора, набирает войско в десять тысяч человек самых различных национальностей под предлогом военной операции на территории монархии, где тогда разгорелся спор о наследстве после смерти Юлишско-Клевского герцога. Однако на самом деле войско вторгается в начале 1611 года в Чехию и с грабежами и насилием движется к Праге, несмотря на протесты чешского сейма.
Пражане вначале не могли и предположить, что Леопольда с его разбойничающими наемниками пригласил в страну сам Рудольф. Пассаусцам удалось занять только район Мала Страна, где начались многочисленные грабежи и убийства. Но вскоре им пришлось в спешке бежать, так как к Праге приближается со своим войском Маттиас. Происходит то, чего и можно было ожидать: Рудольф лишается чешской короны, и земский сейм провозглашает Маттиаса чешским королем. После торжественной коронации в соборе Святого Вита новый чешский король устраивает богатый прием, тогда как в южном крыле этого же дворца бродит мучимый завистью, низложенный Рудольф. Его владения ограничиваются теперь только Пражским Градом (Маттиас живет в Вене) и никому не нужным императорским титулом. Но мысли о мести не покидают Рудольфа… Правда, недолго. Не прошло и года, как в начале 1612 года, в возрасте неполных шестидесяти лет, он умирает от инфекционного легочного заболевания. Эпоха Рудольфа II заканчивается.