Рисосеяние было принесено переселенцами с юга Корейского полуострова. Хотя население архипелага занималось возделыванием и других агрокультур, рис долгое время выступает в качестве всеобщего эквивалента и до сих пор играет роль одного из национальных символов. Для цивилизации и культуры Японии укоренение рисоводства имеет колоссальное значение. Оно не только создало возможности для увеличения количества прибавочного продукта и устойчивого роста населения (рис является потенциально наиболее урожайной культурой среди всех зерновых, за исключением кукурузы), но и способствовало формированию «комплекса оседлости». Это связано с тем, что возделывание риса достаточно трудоемко и требует строительства определенных ирригационных сооружений. Поэтому считалось, что покидать землю, в которую вложено столько труда, можно только в крайнем случае. Только в условиях жесткой установки на оседлость можно было, подобно видному идеологу Хирата Ацутанэ, утверждать, что иноземцы ищут возможности установить торговые отношения с японцами, поскольку они живут в бедных странах, а японцам не следует куда-нибудь путешествовать и искать новых контактов, потому что они ни в чем не нуждаются.
Возможность «полноценного» пищевого существования без выращивания скота объясняется тем, что прибрежные воды архипелага чрезвычайно богаты пищевыми ресурсами. В настоящее время в прибрежных водах архипелага обитает 3492 вида рыб, моллюсков и морских животных (в Средиземном море — 1322, у западного побережья Северной Америки — 1744). Морской промысел в прибрежной зоне был не просто дополнительным источником питания по отношению к продукции сельского хозяйства. Он являлся необходимым фактором его полнокровного развития. Морской промысел (включая добычу водорослей и моллюсков) был для японцев основным источником животного белка, микроэлементов, соли (залежи каменной соли на территории архипелага отсутствуют). Мелкая рыба и водоросли использовались также в качестве удобрений для суходольного земледелия. Это позволяет говорить о фактическом (и притом весьма значительном) увеличении территории, подверженной интенсивному хозяйственному освоению.
Животноводство в Японии показало свою малую пищевую эффективность в силу ограниченности равнинных участков суши. Что касается гор, то их крутизна и высокая степень вегетации (ввиду теплого и влажного климата) также препятствовали созданию паст-бищ и развитию животноводства. Выращивание коров практически прекращается к X в. Коневодство получило определенное развитие в период междоусобных войн, но с установлением мира в период Токугава поголовье лошадей драматически сокращается (к концу этого периода единица скота приходилась на двадцать хозяйств).