И при этом Лойола оставался гениальным организатором. В последние годы ему удалось простереть свои замыслы на большую половину суши — от Индии и Японии до Бразилии. Свои дни он заполнял общением, масштабы которого удивляют. Помимо постоянных встреч и бесед, он отправлял огромное количество писем. В основном они написаны не им самим, а рукой его секретаря, но совершенно точно — под его диктовку. Только опубликованных насчитывается почти семь тысяч. Порою за день он отправлял послания десяткам самых разных адресатов, от маргиналов до монархов. При этом Лойола тщательно обдумывал и перечитывал по два раза каждое письмо, независимо от важности. «То, что мы пишем, нужно обдумывать более тщательно, чем то, что мы говорим, ибо написанное слово остается и несет в себе вечное свидетельство, и его не так просто исправить или залатать, как слово сказанное» — так наставлял он Фавра.
Скрупулезность и каторжный труд приносили плоды. Основывались иезуитские провинции в разных странах, открывались коллегии, приобретались дома, налаживались контакты с сильными мира сего. При этом жизнь ордена вовсе не стала комфортной. В чужих странах иезуитов ожидала неустроенность, а зачастую и гонения. Да и в Риме не все происходило гладко. На рубеже 1549–1550 годов после смерти одного из благодетелей Общество Иисуса постиг жестокий экономический крах. Тогда, вспомнив опыт основателя, все члены ордена вышли на улицы и начали просить милостыню.
Большие проблемы случились у общества во Франции. Несколько лет иезуиты там жили тайно. Для того чтобы работать на законных основаниях, орден нуждался в особом документе, называемом «натурализацией». Король Генрих III пожаловал этот документ, но французский парламент отказался его подтвердить. Кроме того, в дело вмешались парижские теологи, ненавидевшие Лойолу. Нашему герою пришлось снова собирать повсюду рекомендательные письма, чтобы в очередной раз доказать свою благонадежность.
Еще одним моментом, принесшим Игнатию много волнений, стало избрание папой Павлом IV кардинала Джанпьетро Караффы. Отношения Лойолы с этим человеком оставались натянутыми с момента их конфликта в Венеции, когда Игнатий осмелился указывать Караффе на неправильный образ жизни его ордена театин-цев. В дальнейшем Караффа, будучи влиятельной фигурой при папском дворе, неоднократно советовал объединить орден театинцев и Общество Иисуса в единый институт. Лойолу это предложение приводило в негодование и смятение.
После смерти папы Марцелла II, который умер, не проведя на Святом престоле и месяца, Игнатий стал сильно опасаться, что новым папой изберут его венецианского недоброжелателя. Это могло бы стать концом для молодого ордена. Лойола начал молиться, «…чтобы, если это равным образом послужит славе Божией, выбор не пал на папу, который внесет какие-либо изменения в то, что касается Общества, ибо среди кандидатов есть такие, которые, как опасаются, могут внести такие изменения»