.
В день избрания папы Лойола сидел в своих «комнатках» вместе с Луисом да Камарой. Раздался звон колоколов. Вскоре явился посланник с известием: понтификом избран именно кардинал Театинский.
По словам Камары, Игнатий изменился в лице и в нем «все кости сотряслись». Тут же он бросился в часовню и долго молился. Камара вспоминает, что вернулся он оттуда «такой радостный и довольный, словно исход выборов полностью соответствовал его желаниям». Видимо, ему снова, как и в самом начале пути, пришлось преодолевать свое неверие.
И все снова сложилось оптимальным для Лойолы образом. Караффа, вызывавший ужас у всей Италии своими жестокими методами работы с паствой, вовсе не стал преследовать иезуитов. Напротив, он оказал им большую поддержку, что вполне естественно, ведь их объединяла общая цель: борьба с ересью. На страницах популярных исторических изданий папа Павел IV иногда предстает чуть ли не как самый главный иезуит, что, конечно же, не соответствует истине.
Скорее всего, Лойола до конца жизни относился к Караффе с некоторой опаской, и этот факт огорчал его самого, поскольку любой папа является наместником Христа. Поэтому, почувствовав признаки приближающейся смерти, Игнатий послал Поланко в Ватикан — испросить папское благословение. Оно было получено, но не успело к адресату. Поланко застал Лойолу мертвым. Не успел генерал иезуитов и принять последнее причастие — то, о чем он так всегда беспокоился и ради чего даже добился принятия сомнительного закона о прекращении врачебной помощи для больных, не желающих причащаться. Случилось с ним такое по двум причинам. Во-первых, в этот момент в доме тяжело заболели еще несколько человек, среди которых Диего Лайнес, сменивший Лойолу на посту генерала иезуитов. А во-вторых, Игнатий так давно страдал от своих хворей, что все привыкли к его состоянию и не обратили внимания на очередное ухудшение. Он же, явно чувствуя, что умрет, не решился делиться своими ощущениями ни с кем, кроме Поланко. Однако секретарь тоже не придал значения этим словам, ведь врач не усматривал у больного настораживающих симптомов. Поланко выразил надежду, что настоятель пребудет с ними как минимум еще несколько лет. На что Игнатий ответил: «Я болен настолько, что мне остается только испустить дух». Он скончался около семи утра в пятницу, в скорбный день страданий Иисуса, 31 июля 1556 года.
Известный врач Реальдо Коломбо, производивший вскрытие, был потрясен стойкостью этого выдающегося человека. Камни, извлеченные из его внутренних органов, предполагали такие непереносимые боли, что хирург воскликнул: «Как он жил с этим?!» А ведь Игнатий не просто жил, а, без преувеличения, влиял на ход истории!