В 1503 г. многие князья западных русских областей (Вяземские, Одоевские, Воротынские, Черниговские, Новгород-Северские) перешли от Литвы к московскому князю.
Присоединение Новгорода. Независимой от власти московского князя оставалось Новгородская боярская республика, обладавшая еще значительной силой. В Новгороде в 1410 г. произошла реформа посаднического управления: вечевой строй утратил прежнее значение, усилилась олигархическая власть боярства. Василий Темный в 1456 г. установил, что князь является высшей судебной инстанцией в Новгороде (Яжелбицкий мир).
Опасаясь потери своих привилегий в случае подчинения Москве, часть новгородского боярства во главе с посадницей Марфой Борецкой заключила соглашение о вассальной зависимости Новгорода от Литвы. Рядовые же новгородцы, наоборот, стояли на стороне Москвы. Узнав о сговоре бояр с литовскими феодалами, московский князь принял решительные меры к подчинению Новгорода и организовал против него поход в 1471 г. В походе участвовали войска всех подвластных Москве земель, что придало ему общерусский характер. Новгородцев обвиняли в том, что они «отпали от православия к латинству».
Решающее сражение произошло на реке Шелони (1471). Новгородское ополчение, имея значительное превосходство в силах, сражалось неохотно; москвичи же, по словам близких к Москве летописцев, «как львы рыкающие», набросились на противника и более двадцати верст преследовали отступавших новгородцев.
Окончательно Новгород был присоединен к Москве через семь лет, в 1478 г. Из города был увезен в Москву вечевой колокол. Но Иван III, учитывая силу Новгорода, оставил за ним ряд привилегий: право вести сношения со Швецией, обещал не привлекать новгородцев к несению службы на южных границах. Городом теперь управляли московские наместники.
Свержение золотоордынского ига. В 1480 г. было окончательно свергнуто монголо-татарское иго. Это произошло после стояния московских и монголо-татарских войск на реке Угре. Во главе ордынских войск стоял Ахмед-хан, заключивший союз с польско-литовским королем Казимиром IV. Иван III сумел привлечь на свою сторону крымского хана Менгли-Гирея, войска которого напали на владения Казимира IV, сорвав его выступление против Москвы. Простояв на Угре несколько недель, Ахмед-хан понял, что вступать в сражение безнадежно; а когда узнал, что его столица Сарай подверглась нападению со стороны Сибирского ханства, он увел свои войска обратно.
Более чем двухвековое ненавистное монголо-татарское иго было навсегда свергнуто. Русь окончательно за несколько лет до 1480 г. прекратила платить дань Золотой Орде. В 1502 г. крымский хан Менгли-Гирей нанес сокрушительное поражение Золотой Орде, после чего ее существование прекратилось.