Переговоры велись русским послом сначала в Пекине, а затем в Петербурге, куда за ним прибыл и китайский. На совещании 27 февраля 1880 года, после возможных уступок со стороны России, был наконец подписан трактат. Однако богдыхан не одобрил и не утвердил трактата, китайский посол был предан суду, а Кульджу было решено отнять у русских силой.
Россия тотчас стала готовиться к отпору. В Семиречье по распоряжению Кауфмана уже были собраны отряды из разных родов оружия, в любой момент готовые двинуться к китайской границе. Считая, что одна русская рота побьет тысячу китайцев, решили приготовить двадцать три роты, семнадцать сотен, двадцать шесть орудий (из них восемь скорострельных, т. е. картечниц) и восемь ракетных станков.
Россия знала, что китайцы, восстанавливая свою власть в Кашгарии, поневоле должны были разбросать свои войска по городам в виде гарнизонов и потому против русского отряда не могли выделить ничего. Жестокие казни и неслыханные поборы с местного населения, конечно же, возбуждали в покоренных, но еще не покорных мусульманах глухое неудовольствие китайцами. Но, рассчитывая, вероятно, на поддержку англичан, которые в последнее время постоянно ставили России палки в колеса, они вели себя весьма решительно.
России предстояло действовать на двух военных театрах: в Кульдже и Кашгаре. Против Кашгара считалось достаточным пятнадцать рот, девять сотен, шесть конных и шесть горных орудий и восемь ракетных станков. Отряд должен был наступать со стороны Ферганы, из города Ош, откуда к Иркештаму шел удобный Талдынский перевал. Таким образом, на обоих предполагаемых театрах военных действий китайцы встретили бы тридцать восемь рот, двадцать шесть сотен, тридцать восемь орудий и шестнадцать ракетных станков.
Но так как со стороны Семиречья горные перевалы открывались только в конце мая, то Кауфман посчитал нужным привлечь к участию в военных действиях еще и войска Западно-Сибирского округа, для которых переход через китайскую границу не представлял никаких затруднений. Седьмого апреля 1880 года туркестанский генерал-губернатор обратился к тогдашнему генерал-губернатору этого округа генералу Казнакову с просьбой двинуть от Зайсанского поста в тыл китайцам для захвата их обозов и транспортов конный партизанский отряд из двенадцати сотен при четырех орудиях и восьми ракетных станках.
Пройти им следовало четыреста километров до Кур-Кара-Усу, для чего достаточно было трех недель. Поэтому выступить предполагалось в середине мая. Начинать раньше было нельзя, так как семиреченские войска могли перевалить через горы только к началу июня, и в этом случае китайцы насели бы на сибирский отряд, не опасаясь семиреченцев. Выступление позже этого срока также было нецелесообразно, потому что отступающие перед семиреченцами китайцы могли обрушиться на сибирцев.