Прием на службу сотрудников осуществлялся через созданное 5 апреля 1918 г. управделами ВЧК, куда было переданы частично функции расформированного оперштаба (заведующий А.П. Пятницкий). Пятницкий 18 апреля был уполномочен по предоставлению отделами числа вакансий следователей и комиссаров производить соответствующий подбор из лиц, имеющих личные и партийные рекомендации. На начало мая 1918 г. оно включало в себя организованную М.Ф. Емельяновым по решению ВЧК от 18 марта общую канцелярию со столом справок численностью в 8 руководящих и старших канцелярских работников[113]. Летом 1918 г. Управделами ВЧК было расформировано, а канцелярия была переведена в оперативное подчинение секретарю Президиума (позднее секретарь Президиума официально являлся руководителем общей канцелярии). На 25 сентября 1918 г. общая канцелярия, которую возглавлял бывший помощник управделами ВЧК И.В. Шилов, включала в себя стол личного состава (Э.П. Рутенберг), стол ордеров (В.В. Скоринко), стол отправлений (Ф.Н. Шепелинский), справочное бюро, архив (Е.Н. Шилова)[114].
К началу мая 1918 г. в ВЧК было сформировано 5 технических и обслуживающих отделов: казначейский (заведующий Петерс), хозяйственный (заведующий М.Ф. Емельянов), хранилищный (заведующий П.Ф. Сидоров), автомобильный (заведующий Н.И. Якушенко) и санитарный (заведующая А.Н. Терентьева). В июле 1918 г. после назначения Петерса временным председателем ВЧК и отстранения от чекистской работы из-за участия в левоэсеровском восстании Емельянова казначейский и хозяйственный отделы были слиты в единый финансово-хозяйственный отдел, начальником которого назначили бывшего секретаря хозотдела А.Я. Рамана, а заведующими казначейскими и хозяйственными подотделами, соответственно, А.А. Рутенберга (бывшего секретаря казначейского отдела) и П.П. Матросова. Хранилищный отдел, в котором сдавались реквизированные деньги и ценности, был летом 1918 г. на правах отделения передан в отдел по борьбе с контрреволюцией. В оперативном подчинении автомобильного отдела находились воинские отряды самокатчиков и шоферов (его служащие летом 1918 г. были переведены в штат отдела). Заведующим отделом вместо Якушенко назначили шофера и бывшего военнослужащего автобронеотряда ВЦИК В.Д. Гарша. В середине сентября 1918 г. санитарный отдел, оказывающий медицинскую помощь сотрудникам ВЧК и арестованным и проводящий медэкспертизу, был объединен с лазаретом войск ВЧК во врачебно-санитарный отдел. Новое подразделение возглавил М.Г. Кушнер, так же как и Терентьева, врач по профессии, а начальник лазарета войск Р.Б. Гиршфельдт стал врачом лазарета ВЧК.