Таким образом, расширение фронта работы ВЧК привело к увеличению количества подразделений. Если на начало мая 1918 г. было 13 отделов: четыре «линейных» (по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией, должностными преступлениями и информационный) и восемь вспомогательных, технических и обслуживающих (управделами с общей канцелярией, комендантский с тюремным подотделом, казначейский, хозяйственный, хранилищный, автомобильный, санитарный и справочное бюро), то в конце сентября их число равнялось 15: четыре «линейных» (по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией, должностными преступлениями и иногородний), шесть вспомогательных, технических и обслуживающих (общая канцелярия, тюремный, комендатура, финансово-хозяйственный, автомобильный и врачебно-санитарный) и пять подразделений при ВЧК (отделы стратегического уплотнения, контроля складов, районных ЧК, контрольно-ревизионная коллегия и военный штаб).
Основную работу в отделах по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией осуществляли следователи, их помощники и оперативные сотрудники, в свою очередь, делившиеся на старших — комиссаров и младших — разведчиков. В штате отдела преступлений по должности, в связи с ведением работы по служащим советских учреждений, в том числе ответственным, младших сотрудников — помощников следователей и разведчиков не было. Оперативные подразделения при ВЧК — стратегического уплотнения и контроля складов — своего следственного аппарата не имели и состояли только из комиссаров с большим штатом младших сотрудников — разведчиков и контролеров. Кроме того, в штате отделов иногда (но не постоянно) были сотрудники для поручений (или особых поручений). Летом 1918 г. во главе каждого из четырех «линейных» отделов стояла коллегия, состоявшая из заведующего отделом, его заместителя и секретаря отдела. Осенью 1918 г. коллегия была расширена путем введения в нее руководителей отделений и образован президиум, по составу аналогичный коллегии отдела в прошлом.
Вплоть до конца 1918 г. в ВЧК не было института руководящей Коллегии, а высшие руководящие работники именовались членами ВЧК. При этом не был четко определен порядок их назначения. Совнарком занимался введением в состав ВЧК руководящих работников с самого основания до марта 1918 г. Так, 24 февраля ВЧК, заслушав вопрос о приеме в члены комиссии И.Ю. Пульяновского, постановила принять его и просить СНК об утверждении. Однако после переезда в Москву члены Комиссии либо назначались постановлением самого чекистского руководства, либо избирались на конференциях чрезвычайных комиссий, и, например, 5 апреля 1918 г. на заседании ВЧК без обращения в Совнарком были приняты в члены Комиссии В.А. Алгасов и Г.Д. Закс.