26 ноября 1920 года при Президиуме ВЧК создается Специальное отделение по охране партийных и государственных деятелей и правительственных объектов, которое возглавил сотрудник ВЧК, начальник охраны Ленина А. Я. Беленький. Весной 1921 года, одновременно с проведением в России экономической реформы, началась перестройка работы советского государственного аппарата, которая привела к очередным изменениям в системе органов государственной безопасности. Приказом ВЧК от 14 января 1921 года было образовано Секретно- оперативное управление, которое возглавил В. Р. Менжинский. Его заместителем стал Г. Г. Ягода, помощником начальника был назначен А. Х. Артузов.
В Особых отделах ВЧК находилась служба военной цензуры. Инструкция содержала подробное изложение методов перлюстрации и требовала соблюдения строжайшей конспирации. 13 августа 1921 года военная цензура была возложена на Информационный отдел. На Секретный отдел Управления возлагались выявление и борьба с антисоветской деятельностью монархистов, кадетов, меньшевиков, эсеров, оппозиционно настроенного духовенства. Отдел включал работу 9 отделений по различным направлениям. С конца 1920 года, согласно приказу ВЧК, в Секретном отделе постановке на постоянный учет подлежали все выявленные члены небольшевистских партий и других организаций.
Оперативный отдел управления осуществлял ведение наружной разведки и установки. В отдел входили секретариат, оперативное отделение, техническое отделение, активная часть Оперода, отделение обработки материалов, бюро обработки, бюро печати, регистрационно-статистическое отделение, справочное бюро, бюро розыска, бюро статистики, архив. В управление был включен и Иностранный отдел. В течение 1921 года легальные резидентуры были созданы в Англии, Франции и Германии, одновременно осуществлялось развертывание нелегальной разведки. Во внешнюю разведку направлялись опытные члены партии, а основные линии разведывательной работы определялись ЦК РКП(б). Параллельно внешнюю разведку осуществляло Разведывательное управление Штаба Красной Армии. Для координации деятельности двух независимых разведок предусматривался ввод в состав Коллегии ВЧК начальника Разведуправления.
28 марта 1921 года в Секретно-оперативное управление вошел Информационный отдел. На него возлагались задачи организации и обеспечения партийного и советского руководства информацией о политическом и экономическом положении страны и отдельных регионов. Позднее в инструкции для местных органов ВЧК стали указываться источники информации: доклады осведомителей в учреждениях и на предприятиях, уполномоченных ВЧК на местах, сведения о различных происшествиях, следственный и агентурный материал, периодическая печать, народная молва (слухи).