25 января 1921 года было создано Экономическое управление, а на местах — отделы по борьбе с саботажем, спекуляцией и преступлениями по должности. Экономическое управление насчитывало по штату около 400 человек и состояло из Отдела надзора и публичного обвинения, статистико-экономического отдела, 15 следователей, которые курировали деятельность наркоматов и другие центральные учреждения. 28 марта 1921 года при ВЧК был создан Специальный отдел, на который были возложены функции координации и контроля ведомственных шифровальных служб и централизованной организации в государственных учреждениях секретного делопроизводства. 5 мая 1921 года правительство приняло постановление об обязательном исполнении государственными учреждениями распоряжений и циркуляров Спецотдела по вопросам шифровального дела. В 1920 году в отделе были сформированы отделения радиоперехвата, изготовления документов, химическая лаборатория. В августе 1921 года была создана и начала работать Следственная часть Президиума ВЧК. Ей предоставлялось право возбуждения и проведения следствия по преступлениям, совершенными сотрудниками ВЧК, выдачи санкции на высшую меру наказания и конфискацию имущества, надзора за ведением следствия в органах ЧК и содержанием заключенных.
По постановлению Совета труда и обороны от 19 января 1921 года была проведена централизация вооруженных частей и отрядов, состоящих при ВЧК. Они сводились в единые войска ВЧК, на которые возлагалась непосредственная борьба с открытыми антисоветскими выступлениями и бандитизмом. Организационное строительство и руководство войсками осуществляло учрежденное 1 апреля 1921 года Управление войск ВЧК, в которое был включен и Отдел пограничной охраны. К концу 1921 года ВЧК состояла из 7 управлений и отделов. Сложной оказалась организация кадровой работы, так как формировать подразделения ВЧК приходилось «с нуля». Первые трехнедельные курсы по подготовке заведующих отделами, следователей, разведчиков и других специалистов были рассчитаны на 100–120 слушателей. Они открылись в Москве в августе 1918 года. В сентябре 1918 года срок обучения был продлен до двух месяцев, а число слушателей увеличено до 200 человек. Особенностью кадрового состава органов ЧК была многонациональность: русские, украинцы, белорусы, поляки, немцы, финны, чехи, венгры и евреи. К 1919 году ситуация в сфере государственной безопасности несколько стабилизировалась, это вызвало дискуссию о необходимости ограничения прав чрезвычайных комиссий и усиления контроля за их деятельностью.