Губернские чрезвычайные комиссии организовывались при губисполкомах и представляли собой самостоятельные отделы. В частности, Петроградская губернская ЧК функционировала на правах отдела при Петроградском Совете. Структура отдела строилась примерно по образцу ВЧК: отдел состоял из административной части, которая ведала организационными вопросами и поддерживала связь с уездными политбюро (при уездной милиции); секретно-оперативной части, которая проводила непосредственную борьбу с контрреволюцией; а также экономического отдела. Возглавлял губчека председатель при нём состоял совещательный орган — коллегия из пяти членов.
Транспортные чрезвычайные комиссии состояли из районных транспортных ЧК (РТЧК) и создавались при управлениях железных дорог и водных систем. Они направляли оперативную деятельность подчиненных им участковых транспортных ЧК (УТЧК). Последние функционировали при наиболее важных железнодорожных узлах и станциях (крупных пристанях) и вели борьбу со всеми преступлениями на железнодорожных и водных путях.
Политбюро являлось подсобным органом губчека в уезде, работало под ее руководством и исполняло все ее задания. В начале 1922 года Приказом ВЧК № 35 от 17 января 1922 года уездные политбюро были упразднены. Вместо них были созданы информационные пункты, возглавлявшиеся уполномоченными Петроградской Губернской ЧК.
Особые отделы делились на фронтовые, окружные и армейские. В Петрограде действовал Особый отдел Петроградского Военного округа, который тесно взаимодействовал с Петроградской губернской ЧК. Он был образован 28 мая 1921 года на базе двух упраздненных Особых отделов по охране границы с Финляндией и по охране границы с Эстонией и Латвией.
В июле 1921 года, по решению ВЧК, для координации и руководства всей чекистской работы в Петрограде и Петроградском военном округе было образовано Полномочное Представительство ВЧК в Петроградском военном округе (ПП ВЧК в ПВО). Оно состояло из двух подразделений: секретариата и инспекторско-организационной части. Начальник последнего являлся одновременно заместителем Полномочного Представителя.
На аппарат Полномочного Представителя ВЧК были возложены функции по организации, руководству и контролю за деятельностью чекистских органов и войск округа. Ему подчинялись чекистские аппараты, расположенные на территории Петроградской, Новгородской, Псковской, Череповецкой, Мурманской, Карельской губерний, а также Особый отдел ВЧК Петроградского военного округа, войск ВЧК, дислоцировавшиеся в округе, и транспортные ЧК, функционировавшие на Николаевской (ныне Октябрьской), Финляндской, Мурманской, Варшавской, Виндавской (ныне Витебской), Рыбинской, Архангельской железных дорогах, и Отдел ЧК Северо-Западного водного бассейна.