В результате проведенной перестройки под непосредственным руководством Ф. Э. Дзержинского структура чекистского аппарата стала более стройной, отвечавшей возложенным на органы госбезопасности задачам с учетом перехода страны от войны к миру.
ВЧК по-прежнему возглавлялась Ф. Э. Дзержинским. Заместителем председателя ВЧК был член ВЦИК И. К. Ксенофонтов, а с апреля 1921 года — член ВЦИК И. С. Уншлихт (до этого он являлся членом Реввоенсовета Западного фронта). При председателе ВЧК работала Коллегия, состоявшая из 12 человек. В состав Коллегии ВЧК в первой половине 1921 года, кроме Ф. Э. Дзержинского и И. С. Уншлихта, входили В. Р. Менжинский, С. М. Кедров, Г. И. Бокий, М. Я. Лацис, В. Н. Манцев, И. К. Ксенофонтов, Я. Х. Петерс и другие.
Петроградскую губернскую чрезвычайную комиссию до 12 апреля 1921 года возглавлял Николай Павлович Комаров. С 12 апреля до 13 ноября того же года председателем Петроградской ЧК являлся Борис Александрович Семенов. Ему, уроженцу Иркутской губернии, едва исполнилось в то время 30 лет. В юности он плавал юнгой на судах коммерческого флота. Затем стал горнорабочим на золотых приисках. Выдержал экзамен за высшее начальное училище в г. Томске. В партию вступил в 1907 году. За принадлежность к большевикам и работу в подпольной типографии был арестован, отсидел 2 года в тюрьме, шесть с половиной лет находился в ссылке и на поселении, откуда его освободила Февральская революция. После февраля 1917 года стал секретарем профессионального союза торговых рабочих и служащих.
В Октябрьские дни Б. А. Семенов работал в Смольном, затем в течение двух лет возглавлял исполком Спасского районного Совета Петрограда. В период наступления Юденича являлся комиссаром бригады и дивизии, позднее членом реввоенсовета 7-й армии. После гражданской войны стал организатором Петроградского районного Комитета партии. С этой должности он и был направлен на работу в ЧК.
Однако возглавлял питерских чекистов Б. А. Семенов недолго. Он, к сожалению, не смог стать достойным преемником Н. П. Комарова. Эта непростая должность оказалась не по нему. Сказались неумение сплотить вокруг себя подчиненных, чему мешали недостатки характера, а также отсутствие оперативного опыта.
Серьезной критике питерские чекисты были подвергнуты и со стороны В. И. Ленина, который 15 октября 1921 года, на следующий день после доклада на Политбюро И. С. Уншлихта о неудовлетворительности данного состава Петрогубчека, на выписке из протокола заседания Политбюро написал секретарю Петроградского Губкома партии Н. А. Угланову и секретарю губисполкома Н. П. Комарову: «