Согласно официальным данным, в Москве и Петрограде было расстреляно около 600 человек, в основном это были дворяне (в том числе бывшие царские министры внутренних дел А. Н. Хвостов, А. Д, Протопопов, министр юстиции и председатель Государственного совета И. Г. Щегловитов, директор Департамента полиции С. П. Белецкий, протоиерей И. Восторгов и другие. Красный террор достиг пика в сентябре 1918 года, а потом пошел на спад. В дальнейшем в истории российского государства он не применялся. Кроме ВЧК, красный террор осуществляли Советы, революционные трибуналы, находившиеся в подчинении Льва Троцкого и Реввоенсовета Республики. Нередко такие меры применялись к арестованным военнослужащим Красной Армии и военнопленным, зачастую без достаточных на то оснований. Так, например, было с командармом Б. М. Думенко, расстрелянным в Бутырской тюрьме.
Для ВЧК этот период стал кровавым. Любой террор по отношению к человеку является антигуманным актом. Это в равной мере относится к белому и к красному террору. Ибо ненависть всегда порождала ненависть. Поэтому в сферу террора нередко попадали не только прямые участники военного и политического противостояния, но и совершенно посторонние люди, далекие от идеалов противоборствующих сторон.
Особо следует отметить, что преданность власти и жестокость в проведении репрессивной политики привели не к укреплению авторитета лидеров ВЧК в глазах власти, а к стремлению руководства государства при первых признаках стабилизации избавиться от лиц и органов, скомпрометировавших себя излишней жестокостью, пусть даже во имя государственных интересов, как они понимались в тот исторический период. Эта особенность взаимоотношений власти и спецслужб, ведущая к регулярному реформированию последних, с устранением зачастую, в основном физическим, их руководящего звена, неоднократно повторялась в отечественной истории. В то же время руководители секретного ведомства не замечали или не хотели замечать эту особенность, по-видимому, они наивно надеялись, что им в силу каких- либо причин удастся избежать трагической судьбы своих предшественников, и платили за свои заблуждения — кто карьерой, кто здоровьем, кто свободой, а кто и жизнью.
В состав ВЦИК и других советских учреждений, кроме большевиков, входили левые эсеры, порвавшие с правым большинством своей партии после Октябрьского переворота. После конфликта с большевиками по поводу методов деятельности ВЧК, левые эсеры провели в ВЧК в январе 1918 года постановлением Совнаркома от своей партии М. Ф. Емельянова, В. Д. Волкова, В. А. Александровича и П. Ф. Сидорова. Из 20 членов ВЧК левые эсеры составляли половину. Боевой отряд ВЧК насчитывал до 600 человек, его возглавлял член партии левых эсеров Д. И. Попов. После IV съезда Советов левые эсеры в знак протеста демонстративно вышли из состава советского правительства и призвали к разрыву мирного договора с Германией. Левые эсеры подняли мятеж, одним из руководителей которого был заместитель Ф. Э. Дзержинского, начальник Отдела борьбы с преступлениями по должности В. А. Александрович. После убийства германского посла графа Вильгельма Мирбаха расследование взял на себя Ф. Э. Дзержинский. Чекисты быстро установили, что наряду с подлинными документами некоторые оказалась поддельными. Отряд вышел из повиновения главе спецслужбы. Сам Дзержинский был арестован вместе с чекистами А. Я. Беленьким, А. М. Трепаловым и Г. В. Хрусталевым. Вооруженные отряды эсеров захватили здание ВЧК и Центральный телеграф.