Иероглиф «синоби» — или «нин-дзютсу».
Впоследствии наемные агенты стали использоваться все чаще, ведь потребность в хороших специалистах по воинским искусствам, готовых взяться за выполнение самых сложных и секретных заданий, постоянно росла. И более подходящих для этого кандидатов, чем ниндзя, ire было и быть не могло.
В дальнейшем отряды воинов-отшельников — сохэй — превращаются в школы нин-дзютсу (рю), которые становятся семейными кланами. С течением времени кланы начинают обособляться, закрепляя за собой территории и зоны влияния. Например, провинция Ига (сегодня префектура Мие) была известна как область влияния клана Хаттори, члены которого изучали тайные искусства аскетов (сеннин), горных воинов (ямабуси), а затем и сюгэндзя. Именно клан Хаттори стал основой могущественной школы нин-дзютсу Ига-рю (хотя вскоре организации Хаттори пришлось потесниться, уступая место клану Момоти). Количество членов рю неуклонно растет: все больше мастеров тайных искусств избирают своей профессией шпионаж и заказной террор.
Ценный вклад в развитие нин-дзютсу внесли члены военизированных крестьянских дружин — ДЗИ-ДЗАМУРАИ Эти воины имели богатый практический опыт ведения боевых действий в условиях секретности. В те неспокойные времена крестьянские поселения часто подвергались нападению разбойничьих шаек. Защищать деревни и были призваны формирования воинов-земледельцев. Подобное самоуправство жестко преследовалось властями, опасающимися вооруженных крестьянских волнений. Лица, уличенные в ношении или хранении оружия, подвергались арестам и казням. Многие земледельцы, решившиеся взять в руки оружие, были вынуждены искать спасение в мятежных горных общинах. Там дзи-дзамураи примкнули к зарождающимся кланам ниндзя.
Начало периода Хейан (794-1185 гг.) характеризуется жесточайшим диктатом со стороны дворцовой аристократии, что вызывало междоусобные конфликты, ослаблявшие императорскую власть. К его концу центральная власть в Киото была так слаба, что по ночам столица практически находилась в руках шайки разбойников, изучавших нин-дзютсу у ямабуси с горы Курама (севернее от Киото). Этот этап истории Японии стал роковым для всей страны: разразилась междоусобная война, в которой два крупнейших феодальных клана оспаривали лидерство. Итогом противостояния явилось падение династии Тайра и начало периода Камакура (1192–1333 гг), получившего название от города Камакура, где была резиденция первого сегуна — Минамото Еритомо. При установившейся форме правления (сегунате) власть императорского двора была минимальной, а власть феодальных правителей (сегунов), базирующаяся на военной силе, — практически безграничной. Всего существовало три династии сегунов: Минамото (1192–1333 гг.), Асикага (1335–1573 гг.) и Токугава (1603–1867 гг.). Сегунат означал приход к власти сословия профессиональных воинов — самураев.