Любил приезжать в Покровский монастырь царь Иван Грозный, делавший в него богатые вклады, наделивший его льготами. Покровскому монастырю в конце ХVII в. принадлежали 7 тысяч крепостных; он (как и Спасо-Евфимиев монастырь) был крупнейшим феодалом Суздаля. Покровский монастырь стал местом пострижения для многих представительниц знатных боярских и княжеских родов, при этом нередко в нем постригались насильно или ссылались в него русские великие княгини, царицы и царевны, ставшие ссыльными инокинями и обычно похороненные в нем. Усыпальница монастыря хранит прах знатных инокинь, ставших жертвами влиятельных и даже первых лиц в государстве, в том числе Василия III, Ивана Грозного. При этом нужно особо отметить, что Василий III и Иван Грозный не столько ценили духовно-религиозные достоинства этого монастыря, сколько оценивали его как надежное место для содержания неугодных им женщин, насильно постриженных в монашество.
В 1923 г. Покровский монастырь закрыли, его ценности национализировали. После косметической реставрации монастырских построек в 1950—1960-е годы в них разместили музейные экспозиции. В 1980е годы в монастыре разместили туристско-гостиничный комплекс: построили деревянные одноэтажные высококомфортные домики со всеми удобствами для состоятельных и чаще всего иностранных неправославных туристов, коммерческий ресторан, а позже – коммерческую баню с парильней.
В 1992 г. монастырь возродился. Поначалу в возрожденной обители монашеская жизнь протекала в невероятных условиях. В великолепно обустроенных деревянных домиках расселялись и вели светскую жизнь состоятельные туристы, в большой мере – иностранцы, в ресторане гремела музыка, в комфортабельной бане было много посетителей, мужчин и женщин. Но к концу 2000х годов полными хозяевами в монастырском комплексе стали монахини. Покровский монастырь посещают туристы, экскурсанты, растет в него поток паломников. Постепенно нормализуется жизнь монахинь, которые содержат небольшое хозяйство, пасут коров, ловят рыбу, обрабатывают огород, вышивают пелерины, иконы, облачения для священников высокого сана. Есть в монастыре своя иконописная мастерская. Все чаще экскурсии в монастыре теперь проводят монахини или послушницы. Многие ценности не возвращены еще этому монастырю, в первую очередь это конфискованные у него после 1917 г. иконы, пребывающие в лучших музеях России – в Третьяковской галерее, в Русском музее и других.
Исторический комплекс Покровского монастыря дошел до нашего времени в достаточно полной мере. Сохранились собор в честь Покрова Божией Матери (1510—1518, возведен по инициативе и на средства Василия III), Зачатьевский храм с трапезной (1551, построен на средства Ивана Грозного в память о его умершей дочери Анне), Благовещенская церковь над Святыми вратами (1518), трехъярусная шатровая колокольня (1515, построена Василием III, шатер надстроен в ХVII в.), часовня (ХVI в.), Приказная палата (ХVII в., в ней находилось управление вотчинами монастыря), поварня (ХVII в.), ряд других построек. Сохранился древний колокол (1589, был подарен князем Демидом Черемисиным). Главной святыней монастыря являются святые мощи преподобной Софии Суздальской (в миру Соломония Сабурова, насильно разведенная жена великого князя московского Василия III), пребывающие в Покровском соборе (в подклети, в усыпальнице знатных инокинь, была устроена ее гробница).