И дальше в этой обычной газетной корреспонденции Валиханов изложил свою теорию происхождения дунган, привлекшую внимание многих ученых. Валиханов считал, что дунгане произошли от древних уйгуров, которые, попав во власть Поднебесной империи, были окитаизированы. Однако, пояснял Валиханов, дунгане до сих пор составляют особую общину или племя в Китае и исповедуют отличную от китайцев веру — мусульманскую. Они неоднократно поднимали бунт против правящей династии. О самом восстании в статье содержатся сенсационные по тому времени подробности. Валиханов рассказывает о судьбе города Урумчи, разрушенного дотла, о походе инсургентов на Кульджу и на Аксу.
Мог ли Валиханов предвидеть и самом начале восстания, как потом повернутся дела? Кое-что он, несомненно, предвидел.
Якуб-бек тогда еще не объявил себя ханом. Выбросив из Кашгара ходжу Рашэддйна, опиравшегося на восставших дунган, Якуб-бек провозгласил власть чтимого кашгарцами ходжи Будрукхана. Кстати, китайцы все еще отсиживались в цйтадели, куда их загнал в 1863 году Рашэддин. Осенью 1865 года Якуб-бек предложит китайцам сдаться, и осажденные погибнут все до единого, взорвав цитадель. А Якуб-бек будет все меньше считаться с Бузрукханом, тот, боясь за свою жизнь, скроется из Кашгара, Якуб-бек посадит на ханский трон Катта-тюрю (о нем Валиханов тоже упоминал в своем Кашгарском отчете). Потом Якуб-бек отравит Катта-тюрю, будет обливаться слезами на похоронах, вновь призовет Бузрукхана, а в 1867 году отправит ученого ходжу в Мекку, объявит себя ханом, подавит дунганское восстание, принудив массы дунган бежать через Урумчи в Россию. Затем Якуб-бек, пользуясь слабостью Коканда, начнет раздвигать свое государство на север, в Ферганскую долину, пригласит к себе английских охотников на тигров, приютит сына Кенесары Садыка, будет мешать экспедиции Пржевальского и т. п. А в 1876 году придут китайские войска, разгромят Якуб-бека, и тысячи кашгарцев в 30-градусный мороз кинутся бежать через знакомый Валиханову Теректы, и вновь этот жуткий перевал будет усеян трупами, лишь немногих спасет и напишет о том рапорт начальник Ошского уезда майор Ионов.
Бегство через Теректы — вот что провидел Валиханов, наблюдавший из Капала и Тугерека за началом новой смуты. Недаром он писал в своей корреспонденции: «…нам как соседям с этим краем нельзя не обратить внимание на это движение и готовящийся переворот».
Меж тем султаны Старшего жуза во главе с Гази строчили доносы на штабс-ротмистра Валиханова, взявшегося защищать «степной пролетариат». Его обвиняли в распространении между казахами возмутительных слухов. Потом пораскинули умом и сочинили донос, что штабс-ротмистр Валиханов и полковник Тезек вступили в тайные сношения с Якуб-беком. Началось следствие, но дело пришлось закрыть из-за отсутствия «положительных улик», как было написано в одной бумаге. Это не значит, однако, что никто не приходил к Чокану от Якуб-бека. Могли и приходить. В Кашгаре знали, кто он такой. К нему и уговорщика могли подсылать, и убийцу. Существует версия, что Валиханов умер не от туберкулеза, его убили. Все возможно. Однако насчет его истинного отношения к Якуб-беку? Не стоило учинять следствия, достаточно было перечесть кашгарский отчет.